Hội đồng An ninh Quốc gia Tối cao Iran đã tổ chức một cuộc họp khẩn cấp hôm 29/1, chưa đầy 24 giờ sau khi một nhóm vũ trang có quan hệ với Iran tấn công một tiền đồn của Mỹ ở Jordan, khiến 3 binh sĩ Mỹ thiệt mạng và hàng chục người khác bị thương. Tại cuộc họp, hội đồng, bao gồm Tổng thống Iran Ebrahim Raisi, Ngoại trưởng Hossein Amir-Abdollahian và các chỉ huy quân sự, đã thảo luận về những phương án Mỹ có thể sử dụng để đáp trả vụ tấn công, tờ New York Times đưa tin, trích dẫn ba nguồn tin Iran.
Theo các nguồn tin, hội đồng đã kết luận rằng Mỹ sẽ tấn công trực tiếp Iran hoặc sẽ chỉ nhắm vào các lực lượng dân quân có quan hệ với Iran ở Iraq và Syria.
Sau khi được báo cáo về 2 khả năng trên, ông Khamenei đã đưa ra một "mệnh lệnh rõ ràng" rằng: "Tránh một cuộc chiến tranh trực diện với Mỹ và cắt đứt quan hệ với các lực lượng đã sát hại lính Mỹ, song chuẩn bị đáp trả nếu bị Washington tấn công".
Mệnh lệnh của ông Khamenei phần nào giải thích được các tuyên bố từ giới chức Iran trong những ngày sau đó. Hôm 29/1, phát ngôn viên Bộ Ngoại giao Nasser Kanaani phủ nhận mọi cáo buộc liên quan đến vụ tấn công ở Jordan, nhấn mạnh rằng nhiều nhóm dân quân khác nhau hoạt động trong khu vực "không nhận lệnh từ Cộng hòa Hồi giáo Iran".
Lực lượng dân quân lớn nhất trong số này, Kataib Hezbollah có trụ sở tại Iraq, cho biết một ngày sau đó rằng họ sẽ tạm hoãn "các hoạt động quân sự và an ninh chống lại quân đội Mỹ", đồng thời khẳng định rằng các mục tiêu tấn công của nhóm này không do Tehran quyết định.
Đặc phái viên của Iran tại Liên hợp quốc, Amir Saeid Iravani, sau đó đã đưa ra cảnh báo đối với Mỹ. "Cộng hòa Hồi giáo sẽ đáp trả dứt khoát bất kỳ cuộc tấn công nào vào lãnh thổ, lợi ích và công dân của họ dưới bất kỳ lý do nào", ông Iravani tuyên bố.
Trong một tuyên bố tương tự một ngày sau đó, Tư lệnh Lực lượng Vệ binh Cách mạng Hồi giáo Iran (IRGC) Hossein Salami cho biết "sẽ không bỏ qua bất kỳ mối đe dọa nào". "Chúng tôi không muốn chiến tranh, nhưng cũng không sợ điều này", ông Salami tuyên bố.
Tổng thống Mỹ Joe Biden tuyên bố sẽ buộc Iran phải chịu trách nhiệm về vụ tấn công khiến 3 quân nhân Mỹ thiệt mạng, "vì đã cung cấp vũ khí cho những kẻ thực hiện điều này". Tuy nhiên, ông Biden đã chọn không đáp trả bằng một cuộc tấn công vào lãnh thổ Iran. Theo báo cáo của đài CBS và NBC hôm 1/2, Mỹ sẽ sớm phát động một chiến dịch không kích nhằm vào "các lực lượng và cơ sở của Iran" ở Iraq và Syria, điều được các quan chức Mỹ tiết lộ là có thể kéo dài "nhiều tuần".
Theo tờ New York Times, ông Khamenei đã nói với các cố vấn thân cận nhất của mình rằng một cuộc chiến với Mỹ sẽ mang đến rủi ro kép, gây bất ổn cho Iran và chuyển hướng sự chú ý của thế giới khỏi cuộc xung đột ở Gaza, hai điều mà nước Cộng hòa Hồi giáo không mong muốn. Tuy nhiên, các nguồn tin của tờ báo cho biết Iran đã đặt các lực lượng vũ trang của mình trong tình trạng báo động cao nhất, kích hoạt các hệ thống phòng không và đưa tên lửa đạn đạo đến khu vực biên giới với Iraq.