Hầu hết các KCN lớn, với lượng nước thải lớn được xử lý và cấp phép theo quy định. Tuy nhiên, các cụm công nghiệp, các điểm làng nghề… thì việc quản lý nguồn thải còn nhiều bất cập và bỏ ngỏ, dẫn tới việc xả thải gây ô nhiễm môi trường diễn ra ở hầu hết các địa phương xung quanh hệ thống công trình thủy lợi Bắc Đuống.
Bên cạnh đó, đại đa số doanh nghiệp và cộng đồng dân cư chưa nhận đầy đủ về trách nhiệm và nghĩa vụ trong bảo vệ môi trường nước trong CTTL. Các doanh nghiệp sẵn sàng nộp phạt thay vì phải xử lý nước thải trước khi xả vào CTTL. Nhiều doanh nghiệp sản xuất nhỏ, công nghệ lạc hậu, không đủ điều kiện để xử lý nước thải.
