Theo kết luận của đoàn Thanh tra, mặc dù là hoạt động khảo sát nước mắm nhân danh Vinastas nhưng được thực hiện dưới sự tài trợ từ tổ chức bên ngoài, vì vậy, không đảm bảo tính độc lập.
Ngoài ra, khi thực hiện không xây dựng đề án, kế hoạch khảo sát rõ ràng. Khảo sát chủ yếu do Chủ tịch Hiệp hội và một số cá nhân thực hiện. Quá trình lấy (mua) mẫu thiếu tin cậy.
Toàn bộ 150 mẫu đã mua không có hóa đơn theo quy định của Bộ Tài chính, chỉ có hóa đơn bán lẻ, hóa đơn bán hàng, bản kê bán hàng của nơi bán (89 mẫu); 61 mẫu chỉ có bảng kê do cán bộ đi mua tự lập. Trong quá trình mã hóa mẫu; một số mẫu không được mã hóa trước khi yêu cầu thử nghiệm.
Không chỉ sai phạm trong quá trình khảo sát nước mắm, việc Vinastas đồng nhất khái niệm asen nêu tại Quy chuẩn Việt Nam QCVN 8-2:2011/BYT với “thạch tín”, một chất cực độc, đồng thời khẳng định “95,65% số mẫu khảo sát có độ đạm từ 40 độ trở lên được đánh giá là hàm lượng thạch tín vượt ngưỡng quy định” cũng bị đoàn Thanh tra kết luận là không đúng, không có cơ sở khoa học và gây nhầm lẫn, hoang mang cho người tiêu dùng.
Việc Vinastas công bố thông tin sai lệch liên quan đến sản phẩm nước mắm là có dấu hiệu vi phạm Luật An toàn thực phẩm.
Đoàn Thanh tra đã kiến nghị Thủ tướng Chính phủ yêu cầu Vinastas cải chính công khai trên các phương tiện thông tin đại chúng các nội dung thông tin sai lệch về khảo sát nước mắm đồng thời kiểm điểm làm rõ trách nhiệm và xử lý theo Điều lệ các cá nhân liên quan.
Vấn đề tư cách pháp lý của Vinastas trong việc tham gia các hoạt động bảo vệ quyền lợi người tiêu dùng cũng được đoàn kiểm tra xem xét kiến nghị Thủ tướng giao Bộ Nội vụ xác minh, làm rõ.