Theo Quy hoạch phát triển ngành nuôi trồng thủy sản Thanh Hóa đến năm 2015, định hướng đến năm 2020, vịnh Nghi Sơn (thị xã Nghi Sơn) chỉ được phát triển tối đa 250 lồng bè nuôi cá theo kiểu truyền thống. Sau đó, quy mô lồng nuôi trong khu vực vịnh sẽ giảm dần để tiến tới dẹp bỏ hẳn sau năm 2020. Tuy nhiên trên thực tế, đến thời điểm hiện tại hàng nghìn lồng cá xuất hiện và tồn tại lâu nay trên vùng quy hoạch phát triển cảng biển.
Theo thống kê của ngành chức năng, riêng xã đảo Nghi Sơn hiện có hơn 1.700 lồng cá, chủ yếu phân bổ trên khu vực Vụng Ngọc. Những lồng cá ngày càng tiến gần đến khu vực băng chuyền của Nhà máy Xi măng Nghi Sơn.
Thời điểm này, lượng tàu hàng ra vào vịnh Nghi Sơn chưa nhiều nên các phương tiện có thể luồn lách để vào cảng. Nhưng về lâu dài, điều này sẽ cản trở tuyến hàng hải và phát triển hệ thống cảng biển nơi đây.
Còn tại phường Hải Hà, nhiều hộ dân đã phát triển các bè nuôi trồng thủy sản thuộc khu vực cảng chuyên dụng của Nhà máy Nhiệt điện Nghi Sơn 1.
Theo kiểm đếm của UBND phường Hải Hà, tại đây hiện có hơn 30 bè nuôi cá và hàu của người dân địa phương. So với những năm trước, năm 2021 số lồng bè nuôi trồng thủy sản của phường Hải Hà không những không giảm mà tăng thêm 6 cụm lồng. Chủ nhân của các lồng bè này là hơn 30 hộ gia đình thuộc hai thôn Hà Tây, Hà Phú và rải rác ở các thôn khác trong phường.
Tại phường Hải Thanh, nhiều lồng cá đặt chắn ngang cửa sông Kênh Than - nơi tiếp giáp với Vịnh Nghi Sơn. Nhiều lồng cá còn được đặt sang sát bờ bên phía phường Bình Minh.
Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Thanh Hóa đã nhiều lần khuyến cáo người dân ở đây không nên nuôi cá trong khu vực vịnh Nghi Sơn do “vướng” quy hoạch phát triển cảng biển. Thay vào đó, người dân nên phát triển các lồng cá ra gần khu vực đảo Mê theo quy hoạch để bảo đảm không ô nhiễm nguồn nước cũng như vướng luồng hàng hải của các tàu hàng. Tuy nhiên, do ra xa phải đầu tư lớn hơn nên những hộ nuôi cá lồng vẫn chưa triển khai nuôi theo quy hoạch.
Còn tại khu vực sông Lạch Bạng thuộc phường Xuân Lâm, có hàng trăm lồng bè nuôi cá, nuôi hàu của người dân. Ở phía thượng nguồn sông Lạch Bạng cách khu vực này chỉ dăm bảy trăm mét là các nhà máy chế biến bột cá.
Chỉ tay về phía một doanh nghiệp chế biến bột cá nằm cách lồng cá của gia đình chỉ khoảng năm trăm mét, ông Đỗ Văn Dũng cho rằng, môi trường nuôi trong khu vực không được quy hoạch đã bị ô nhiễm nên việc cá chết gần như là một điều tất yếu.
Tuy nhiên, nuôi hàu, nuôi cá lồng là nghề mưu sinh chính của nhiều hộ dân nơi đây nên họ không còn cách nào khác và đành chấp nhận đánh cược với may rủi.
Những năm 2010-2012, nghề nuôi ngao tại Thanh Hóa phát triển mạnh, đem lại nguồn lợi nhuận cao nên diện tích tăng dần qua từng năm và có thời điểm đạt 1,5 nghìn ha nuôi ngao, tập trung ở các vùng triều thuộc các huyện Nga Sơn, Hoằng Hóa, Quảng Xương, Hậu Lộc và Tĩnh Gia... Tuy nhiên, điều đáng lo ngại là, hầu như năm nào ngao nuôi tại Thanh Hóa cũng bị chết.
Sau khi vào cuộc tìm hiểu nguyên nhân, ngành chức năng đều kết luận, ngao chết không phải do dịch bệnh. Các nguyên nhân được đưa ra chủ yếu là do hiện tượng thủy triều đỏ (tảo nở hoa), mật độ nuôi quá dày. Có một số vùng, dù không phải là vùng quy hoạch nuôi nhưng người dân vẫn mở rộng diện tích trong khi chưa tìm hiểu rõ về đặc tính sinh trưởng cũng như kỹ thuật nuôi ngao.
Điều này dẫn đến hệ lụy đã được cảnh báo trước, nhiều hộ trắng tay chỉ sau 1 vài vụ nuôi ngao. Trước tình trạng trên, Thanh Hóa đã giảm diện tích kế hoạch nuôi ngao đến năm 2025 chỉ còn khoảng 1 nghìn ha và thực tế nhiều hộ dân cũng đã chủ động giảm diện tích.
Còn những người nuôi tôm ở Đa Lộc (Hậu Lộc) cho biết, những năm gần đây, chỉ có khoảng trên 20% số hộ nuôi tôm tại địa phương thành công. Đây cũng là tình trạng chung đang diễn ra tại một số vùng nuôi tôm trọng điểm của tỉnh Thanh Hóa.
Theo phân tích của một số hộ nuôi tôm ở Đa Lộc, nguồn nước nuôi tôm được lấy từ điểm tiếp giáp giữa hạ nguồn sông Mã đổ ra biển. Đây là điểm tàu thuyền thường xuyên qua lại, cư dân lại sống vây quanh. Vì thế, nguồn nước bị ô nhiễm, dù các chủ đầm tôm rất có ý thức lắng lọc, xử lý nhưng vẫn không đảm bảo.