Theo Viện Nghiên cứu Hải sản, cá ngừ được chia làm 2 loại gồm cá ngừ nhỏ và cá ngừ đại dương.
Cá ngừ nhỏ có nhiều loại như ngừ chù, ngừ ồ, ngừ chấm, ngừ sọc dưa, ngừ vằn, ngừ bò…được đánh bắt bằng tàu lưới rê hoặc tàu vây, song đa phần cá đưa lên tàu đã chết. Có hai phương pháp thông dụng bảo quản cá ngừ nhỏ là xếp lớp trong hầm bảo quản và bảo quản bằng khay.
Kỹ thuật xếp lớp trong hầm bảo quản: Rải một lớp đá dày 15 - 20cm dưới đáy hầm. Cá được xếp ngửa bụng theo từng lớp, mỗi lớp dày 10 cm; sau đó rải đều một lớp đá trên lớp cá, dày 10 cm. Tiếp tục xếp từng lớp cá trên từng lớp đá như vậy, cho đến khi đạt chiều cao 1 - 1,2 m. Trên cùng phủ một lớp đá dày 15 - 20cm. Xếp lớp theo tỷ lệ “2 đá 1 cá” vào mùa hè, “1,5 đá 1 cá” vào mùa đông.
Kỹ thuật bảo quản cá ngừ nhỏ bằng khay: Tùy theo lượng cá cần bảo quản mà chuẩn bị số lượng khay nhựa, thông thường tàu có khoảng 500 khay, sức chứa 10 - 20 kg/khay. Xếp cá ngừ vào khay với độ nghiêng 45 độ, bụng ngửa lên, xếp trở đầu đuôi theo từng lớp cho đến khi đầy khay. Rải một lớp đá dày 10 -15cm dưới đáy hầm bảo quản. Xếp các khay chứa cá theo từng lớp và theo hàng, khoảng cách giữa mỗi khay theo hàng từ 5 - 7cm. Rải đá đều trên mặt các khay, dày 10 - 15cm.
Sau đó tiếp tục xếp các lớp khay khác lên trên, nếu lớp khay dưới xếp hàng ngang thì lớp khay trên xếp theo hàng dọc, sao cho đáy của lớp khay trên nằm trên thành của 2 khay lớp dưới. Tiếp tục xếp từng lớp khay trên từng lớp đá như vậy cho tới khi đạt chiều cao 1 - 1,2m. Trên cùng phủ một lớp đá dày 10 - 15cm. Đối với phương pháp bảo quản bằng khay nhựa, cá ít bị dập nát, đảm bảo được chất lượng của cá; thao tác trong quá trình bảo quản và bốc dỡ rất thuận tiện.
Về phương pháp bảo quản cá ngừ đại dương (cá ngừ vây vàng và cá ngừ mắt to). Đối với nhóm tàu công suất nhỏ, bảo quản bằng đá cây xay nhỏ. Còn nhóm tàu công suất lớn thì bảo quản bằng nước biển lạnh.
Biện pháp bảo quản cá ngừ đại dương trên tàu công suất nhỏ: Cá tươi kéo lên boong, đặt nằm trên tấm nhựa. Dùng vồ (gỗ hoặc cao su) đập đầu cá cho tới khi chết. Dùng dao nhọn chọc mạnh một nhát ở phía sau gốc vây ngực cho máu chảy ra. Chích một nhát ở phía trước hậu môn, dùng hai ngón tay kéo đứt phần ruột dính với hậu môn. Kéo mang và nội tạng ra ngoài. Rửa sạch cả trong và ngoài cá bằng vòi nước biển. Cho đá xay nhỏ nhét đầy bụng và hốc mang. Cho cá xuống hầm bảo quản theo lớp bằng đá cây xay nhỏ, xếp ngửa bụng, trở đầu đuôi, theo từng hàng, giữa hầm chừa một khoảng trống để có thể đứng, xếp cá dễ dàng. Bảo quản theo cách này cá đạt tỷ lệ XK không cao (từ 75 - 85%); cá khai thác đầu chuyến đi biển thường có chất lượng xấu.
Bảo quản cá ngừ đại dương trên tàu công suất lớn: Cá tươi kéo lên boong, đặt trên tấm đệm mút. Nếu là cá chết ngay sau khi bắt thì tiến hành xả máu ngay. Đối với cá còn sống, tùy theo yêu cầu khách hàng, có thể đem về bến mới xả máu. Làm chết cá bằng dùi chọc não. Cắt mở rộng nắp mang và lật về phía trước rồi cắt rời mang. Chích một nhát ở phía trước hậu môn, dùng hai ngón tay kéo đứt phần ruột dính với hậu môn.
Kéo mang và nội tạng ra ngoài. Rửa sạch máu nhớt trong mang và khoang bụng bằng vòi phun nước biển. Cho cá vào túi PE, buộc chặt miệng túi, ngâm trong thùng hạ nhiệt. Hỗn hợp ngâm 2 đá 1 nước biển (từ 6 - 8 độ C), thời gian ngâm từ 2 - 6h. Sau đó lấy cá ra, cho đá xay nhỏ vào đầy bụng và hốc mang. Bọc lại cá bằng túi PE, buộc chặt miệng túi, chọc thủng túi nhiều lỗ nhỏ rồi đưa xuống hầm bảo quản bằng đá lỏng.
Để giảm sánh lắc trên tàu, lượng đá lỏng phải chứa gần đầy hầm, nhiệt độ trong hầm luôn ở 0 độ C.
