Tính từ 17h ngày 05/9 đến 17h ngày 06/9, trên Hệ thống Quốc gia quản lý ca bệnh Covid-19 ghi nhận 12.481 ca nhiễm mới, trong đó 4 ca nhập cảnh và 12.477 ca ghi nhận trong nước. Có có 8.099 ca trong cộng đồng.
Cụ thể tại TP HCM (7.122), Bình Dương (2.194), Đồng Nai (871), Long An (857), Tiền Giang (234), Kiên Giang (201), Tây Ninh (134), Khánh Hòa (97), Đồng Tháp (95), An Giang (87), Đắk Lắk (79), Cần Thơ (70), Đà Nẵng (63), Bình Thuận (48), Hà Nội (42), Phú Yên (34), Quảng Ngãi (31), Bình Phước (28), Bà Rịa - Vũng Tàu (22), Quảng Bình (21), Trà Vinh (20), Thừa Thiên Huế (14), Gia Lai (13), Sóc Trăng (13), Nghệ An (12), Thanh Hóa (11), Cà Mau (10), Bình Định (9), Vĩnh Long (9), Bạc Liêu (9), Bắc Ninh (7), Lâm Đồng (4), Bến Tre (4), Ninh Thuận (3), Đắk Nông (3), Sơn La (2), Quảng Nam (2), Kon Tum (1), Bắc Giang (1).
Trong ngày, tổng hợp số liệu tử vong do các Sở Y tế công bố trên cdc.kcb.vn ghi nhận 311 ca tử vong tại TP. Hồ Chí Minh (233), Bình Dương (39), Khánh Hòa (ngày 5 và 6/9: có 7), Đồng Nai (6), Long An (5), Tiền Giang (5), Kiên Giang (3), Đồng Tháp (2), Đà Nẵng (2), Cần Thơ (2), Sóc Trăng (2), Bình Định (2), Hà Nội (1), Vĩnh Long (1), Tây Ninh (1).
Tổng số ca tử vong do Covid-19 tại Việt Nam tính đến nay là 13.385 ca.