Trong 5 tháng đầu năm 2016, trên hệ thống CTTL của thành phố phát sinh 74 vụ vi phạm, nhưng mới xử lý giải tỏa được 2 vụ. Vi phạm nghiêm trọng nhất là trên hệ thống CTTL sông Nhuệ, tồn đọng gần 4.800 vụ, sông Đáy gần 3.350 vụ, sông Tích gần 870 vụ... Các vi phạm ở các dạng như xây nhà cấp ba, cấp bốn, công trình phụ trong hành lang CTTL hơn 5.000 vụ; trồng cây, đào ao, đổ phế thải khoảng 1.500 vụ... Ngoài ra, trên địa bàn thành phố còn tồn tại hơn 1.450 điểm xả thải chưa qua xử lý vào hệ thống CTTL.
Theo đại diện Cty TNHH MTV Đầu tư thủy lợi sông Đáy, tất cả vi phạm trên hệ thống CTTL do Cty quản lý đều đã lập biên bản hành chính; thậm chí có những trường hợp vi phạm lập nhiều lần, yêu cầu chính quyền địa phương xử lý, giải tỏa nhưng vẫn tái diễn. Nguyên nhân của bất cập này là do Cty không có thẩm quyền xử phạt. Trong khi đó, chính quyền địa phương để xảy ra vi phạm thờ ơ, né tránh xử lý.