Do đó, công tác quản lý nguồn sản phẩm động vật được giết mổ, công tác phòng, chống dịch bệnh động vật trên địa bàn thành phố, cũng như nguồn sản phẩm giết mổ từ các tỉnh đưa về luôn được Chi cục Chăn nuôi và Thú y TP.HCM phối hợp các đơn vị liên quan kiểm tra, kiểm soát chặt chẽ, nhằm đảm bảo an toàn thực phẩm, an toàn dịch bệnh động vật, góp phần bảo vệ sức khỏe người tiêu dùng.
Để làm cơ sở kiểm soát nguồn động vật, sản phẩm động vật vận chuyển, giết mổ, kinh doanh trên địa bàn thành phố, Chi cục Chăn nuôi và Thú y TP.HCM đã thiết kế phần mềm quản lý về nhập xuất và xử lý động vật, sản phẩm động vật, kiểm dịch động vật, cấp giấy chứng nhận kiểm dịch động vật... sử dụng tại các trạm kiểm dịch động vật, cơ sở giết mổ.
Ngoài ra, TP.HCM thành lập 3 đoàn kiểm tra liên ngành gồm: quản lý thị trường, thú y, cảnh sát giao thông do Chi cục Chăn nuôi và Thú y làm trưởng đoàn, kiểm tra thường xuyên các tuyến đường, cửa ngõ vận chuyển động vật, sản phẩm động vật vào thành phố. Qua đó, xử lý kịp thời các trường hợp vận chuyển động vật, sản phẩm động vật không đảm bảo an toàn thực phẩm, động vật nhiễm bệnh.
Song song đó, Chi cục Chăn nuôi và Thú y TP.HCM cũng thường xuyên phối hợp, trao đổi thông tin kiểm dịch vận chuyển động vật, sản phẩm động vật với các tỉnh, thành nhằm chủ động giám sát tình hình chăn nuôi và dịch bệnh động vật.