Theo đó, ông Phạm Ngọc Thanh bị kỷ luật bằng hình thức cảnh cáo vì có khuyết điểm, vi phạm. Cụ thể, trong thời gian 1996-1997, ông Phạm Ngọc Thanh đã thiếu trung thực, không gương mẫu khi kê khai trình độ chuyên môn nghiệp vụ là Đại học Tài chính - Kế toán trong hồ sơ, lý lịch đảng viên, công chức, trong lúc chưa được cấp bằng tốt nghiệp đại học.
Dù biết bản thân không đủ tiêu chuẩn về trình độ chuyên môn theo quy định, nhưng từ đó cho đến năm 2012, ông Thanh vẫn tham gia ứng cử, nhận đề cử để được bầu giữ các chức vụ chủ chốt của tổ chức đoàn thể, cấp ủy, bổ nhiệm chức vụ lãnh đạo chính quyền, vi phạm các quy định của Đảng và Nhà nước.
Ngoài ông Thanh, UBKT Tỉnh ủy Phú Yên còn thi hành kỷ luật ông Lê Văn Tiến Dũng, Huyện ủy viên, Bí thư Đảng ủy, Bí thư Chi bộ Quân sự thị trấn Chí Thạnh (Tuy An) bằng hình thức cảnh cáo.
Theo đó, trong thời gian giữ chức vụ Huyện ủy viên, Bí thư Đảng ủy xã An Mỹ, Trưởng phòng Văn hóa - Thông tin huyện Tuy An (2008-2009), ông Lê Văn Tiến Dũng đã thiếu trung thực trong việc kê khai nguồn gốc sử dụng đất. Biết bản thân gia đình không thuộc đối tượng Nhà nước giao đất rừng sản xuất, nhưng ông Tiến vẫn kê khai để được UBND huyện Tuy An cấp 3 Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất (tổng diện tích 125.203 m2) không đúng quy định của Luật Đất đai năm 2003.
Ngoài ra, từ năm 2014 đến tháng 3-2020, ông Dũng đã kê khai tài sản, giải trình biến động, nguồn gốc tài sản, thu nhập không trung thực, không đầy đủ, không kịp thời là thiếu gương mẫu, chấp hành không nghiêm các quy định của Đảng và Nhà nước.