Theo Viện Khoa học Thủy lợi Miền Nam, hiện nay, lưu vực sông Mekong đang ở thời kỳ cuối mùa khô năm 2020. Mực nước nhánh vào hồ Tonle Sap (Biển Hồ) tại Prek Kdam ngày 3/6 ở cao trình 0,79m. Dung tích hồ còn khoảng 1,041 tỷ m3 , Biển Hồ ở giai đoạn tích nước, đóng góp lượng điều tiết hàng ngày không đáng kể xuống hạ lưu.
Năm 2019 khu vực thượng nguồn Trung Quốc cũng hạn nặng, thiếu hụt tổng lượng mưa so với trung bình nhiều năm lên tới 34%, các hồ thủy điện Trung Quốc tích nước đến cuối tháng 12/2019 và xả nước tiết kiệm, lượng xả từ đầu mùa khô phổ biến dao động trong khoảng 800-1.000m3/s.
Vận hành gia tăng của các thủy điện Trung Quốc lên mức 2.300-2.700 m3/s như các năm trước là khó, mức độ gia tăng được xem là chỉ tương tự như ở năm 2016 cùng thời đoạn.
Hiện nay, mưa đã xuất hiện phía hạ nguồn, dự báo dòng chảy về Đồng bằng sông Cửu Long (ĐBSCL) tăng, mặn có xu hướng giảm trong tháng 6.
Với diễn biến nguồn nước và xâm nhập mặn như trên, dự báo vùng thượng ĐBSCL (bao gồm phần đất tỉnh An Giang, Đồng Tháp, thượng nguồn Long An, Kiên Giang và TP Cần Thơ), nguồn nước vẫn ở mức thấp, tận dụng thời điểm bơm tát ở các vị trí xa kênh trục, thực hiện các giải pháp cấp nước cho các vùng núi cao thuộc Tri Tôn, Tịnh Biên.
Vùng giữa ĐBSCL (bao gồm phần đất thuộc TP Cần Thơ, tỉnh Tiền Giang, Long An, Kiên Giang, Hậu Giang, Đồng Tháp, tỉnh Vĩnh Long và vùng được kiểm soát mặn ở Bạc Liêu, Sóc Trăng, Trà Vinh, Bến Tre): ngọt có khả năng xuất hiện ở các cửa sông khi chân triều thấp, sông Cổ Chiên 20-30km, sông Hậu 20-30km, sông Vàm Cỏ 70-120km, sông Cái Lớn 35-45km. Các sông Hàm Luông, cửa Đại và cửa Tiểu tận dụng thời điểm lấy nước vào kỳ triều thấp.
Mặn tuy giảm dần vào đầu tháng 6 nhưng công tác lấy nước ở vùng giữa ĐBSCL phải chủ động, cần bảo vệ các nguồn nước hiện hữu, kiểm tra thường xuyên nguồn nước, tích nước ngay khi có thể, có biện pháp giảm thiểu bốc thoát hơi nước cho cây trái (giữ ẩm gốc, tỉa bớt lá).
Vùng ven biển ĐBSCL (bao gồm ven biển các tỉnh Long An, Bến Tre, Trà Vinh, Sóc Trăng, Bạc Liêu, Cà Mau và tỉnh Kiên Giang): Duy trì các biện pháp chống hạn mặn và cấp nước sinh hoạt; chủ động tích nước vào các thời điểm xuất hiện ngọt khi triều thấp.
Viện Khoa học Thủy lợi Miền Nam cho rằng, dòng chảy về đồng bằng đã có xu thế tăng, kết hợp mùa mưa đến, trong tuần cuối tháng 5, đầu tháng 6 xuất hiện mưa vừa hầu hết trên đồng bằng nên tương đối thuận lợi về nguồn nước tưới.
Các địa phương cần vận hành hệ thống công trình hợp lý, kiểm soát mặn ở các hệ thống thủy lợi, các cửa lấy nước, đảm bảo tích trữ nước và bảo vệ nguồn nước phục vụ sản xuất. Cập nhật các bản tin dự báo thường xuyên để điều chỉnh kế hoạch phù hợp với các diễn biến nguồn nước.