Theo khảo sát của Viện Nước, Tưới tiêu và Môi trường, các công ty khai thác công trình thủy lợi phản ánh tình trạng xả nước thải chưa qua xử lý, vứt rác thải, xác gia súc, gia cầm, đồ dùng gia đình xuống kênh mương là rất phổ biến, không chỉ gây ô nhiễm nguồn nước mà còn bồi lắng kênh mương, cản trở dòng chảy, hư hỏng thiết bị trên kênh.
Rác thải sinh hoạt là một trong những thủ phạm gây ô nhiễm hệ thống Bắc Hưng Hải.
Hàng năm, các công ty chi phí khá tốn kém trong việc vớt rác và nạo vét kênh mương.
Nhiều doanh nghiệp, Khu Công nghiệp mặc dù đã đầu tư xây dựng hệ thống xử lý nước thải nhưng do chi phí vận hành tốn kém nên các doanh nghiệp thường không vận hành khi không bị kiểm tra. Nhiều doanh nghiệp hệ thống xử lý nước thải không đạt yêu cầu, chỉ bao gồm các bể lắng, lọc và các ao chứa nước thải chờ thời cơ xả ra kênh, mương.
Tình trạng xả trộm nước thải chưa qua xử lý khi trời mưa, vào những ngày lễ tết hoặc khi xả nước từ các hồ thượng nguồn là rất phổ biến dẫn đến tại nhiều điểm quan trắc ô nhiễm nước trong mùa mưa cao hơn sơ với mùa khô...
