Đặc biệt nguy cơ bùng phát dịch bệnh đàn gia súc gia cầm là quá cao (cúm gia cầm, tai xanh, LMLM gia súc, bệnh dại...).
Riêng 2 huyện thiệt hại nặng (Chương Mỹ, Quốc Oai) thời điểm tháng 7/2018 đã có 335 hộ ở 12 xã có số gia súc gia cầm chết trôi nổi với số lượng 69.517 con gia cầm và 375 con lợn. Đây chính là nguồn lây bệnh, làm ô nhiễm môi trường ra các vùng xung quanh.
Bên cạnh đó, quá trình vận chuyển lưu thông gia súc gia cầm từ các tỉnh khác về Hà Nội kiểm soát gặp nhiều khó khăn. Việc bán chạy gia súc gia cầm trước, trong mùa mưa lũ cũng xảy ra nhất là từ các vùng đã và đang bị ngập úng. Theo quy định, hiện nay đã bãi bỏ việc kiểm dịch nội tỉnh trong khi đó Hà Nội giáp với 8 tỉnh, TP, có nhiều đường liên tỉnh ra, vào Hà Nội nên việc kiểm soát gia súc lưu thông là vô cùng phức tạp, đây cũng là những cảnh báo dịch bệnh tại các địa phương nhất là những nơi có chợ đầu mối, nơi có mật độ chăn nuôi cao như Đông Anh, Thường Tín, Chương Mỹ ...
Trước tình hình trên, ngành Thú y đã phối hợp với các ngành liên quan thực hiện các giải pháp phòng chống dịch bệnh đàn gia súc gia cầm. Trong đó tập trung cao độ ở các huyện có các vùng bị ngập úng nặng. Trên quan điểm ở những vùng ngập úng nước rút đến đây phải xử lý môi trường và thực hiện ngay các giải pháp đến đó. Những giải pháp và kết quả được ghi nhận trong thời gian qua đó là:
Theo dõi, giám sát dịch bệnh, giải pháp đặt lên hàng đầu để kịp thời phát hiện xử lý ngay các ổ dịch. Mạng lưới thú y thôn bản đã tích cực, chủ động bám sát địa bàn, nhất là tại các hộ chăn nuôi quy mô lớn, số lượng gia súc gia cầm nhiều. Vừa tuyên truyền, vừa hướng dẫn các giải pháp phòng chống dịch bệnh đến các hộ. Triển khai thực hiện lấy mẫu giám sát lưu hành virut, tổng số mẫu đã lấy 211 mẫu swab gộp, 06 mẫu phân, nước tiểu gia cầm. Đồng thời triển khai thực hiện lấy mẫu giám sát sau tiêm phòng, giám sát lưu hành virus tại các xã...
Tổ chức tiêm phòng cho đàn gia súc gia cầm, nhằm chủ động tạo miễn dịch chủ động cho đàn gia súc gia cầm nhất là trong thời điểm nguy cơ bùng phát cao. Từ cuối tháng 7 đến đầu tháng 8/2018 đã tổ chức tiêm phòng cho 6.201 con trâu bò bằng các loại vacxin tụ huyết trùng, lở mồm long móng; 49.611 con lợn với các loại vacxin tai xanh, LML, dịch tả, tụ dấu, tụ huyết trùng, phó thương hàn; 2.191.814 con gia cầm với các loại vacxin cúm, Newcatstle, dịch tả vịt, gumboro; gần 2.000 con chó, mèo được tiêm phòng bổ sung vacxin dại.
Tổng vệ sinh tiêu độc và xử lý môi trường, đối với vùng bị ngập úng, ngành Thú y đã đi kiểm tra và trực tiếp đi làm việc với các huyện, cấp thuốc sát trùng để các xã làm ngay khi nước rút. Huy động chính quyền thực hiện phương châm vệ sinh cơ giới, thu gom rác thải, xác chết động vật chôn lấp theo quy trình sau đó phun thuốc sát trùng. Tập trung cao độ ở các nơi có ổ dịch cũ, những nơi có nhiều xác chết động vật, nơi kinh doanh buôn bán gia súc gia cầm, chợ đầu mối và các khu chăn nuôi tập trung.
Phát động cộng đồng người người, nhà nhà chung tay khắc phục môi trường sau nước rút cùng làm sạch môi trường để đảm bảo an toàn dịch bệnh cho người và vật nuôi.