Qua kiểm tra và đánh giá thực trạng mức độ hợp vệ sinh cho thấy: Với bậc Mầm non, khu vệ sinh học sinh đảm bảo hợp vệ sinh chiếm 75,56%; bậc Tiểu học là 73,11%; THCS là 66,51%; THPT, GDTX là 86.36%. Bên cạnh đó, bậc Mầm non vẫn còn 2,47% khu vệ sinh học sinh không đủ tiêu chuẩn vệ sinh, tỷ lệ này với các bậc Tiểu học là 6,14%, THCS là 4,84%, THPT là 13,6%.
Nguyên nhân dẫn đến thực trạng trên là do một số cơ sở trường học trong tỉnh chưa phân công rõ trách nhiệm cho cán bộ quản lý, giáo viên theo dõi khu vệ sinh của học sinh (nhất là các khu vệ sinh ngoài trời cách xa lớp học), còn để tình trạng thiếu xà phòng rửa tay, thiếu nước, không đủ ánh sáng, để học sinh đi vệ sinh không đúng vị trí, không rửa dọn thường xuyên, có mùi hôi... Một số đơn vị chưa được sử dụng nước sạch (nước máy) mà vẫn sử dụng nước giếng khoan nhưng chưa thường xuyên thau, rửa bể lọc dẫn đến nước lọc không đảm gây vàng ố thiết bị vệ sinh.
Bên cạnh đó vẫn còn tình trạng đường cấp nước, vòi, chậu rửa tay bị hỏng, chưa sửa chữa, thay thế kịp thời. Để khắc phục tình trạng trên, thời gian tới tỉnh Bắc Ninh dự kiến đầu tư 127 tỷ 842 triệu đồng để cải tạo, xây mới hệ thống nhà vệ sinh trường học trong toàn tỉnh. Trong đó số khu vệ sinh phải cải tạo là 1.098, kinh phí 49 tỷ 843 triệu đồng; số khu vệ sinh xây mới là 592, kinh phí 78 tỷ 999 triệu đồng.
