Theo đó, Bộ NN-PTNT nhận được ý kiến của nhiều doanh nghiệp phản ánh về vấn đề áp thuế đối với sản phẩm "sơ chế", "chế biến" trong lĩnh vực thủy sản, thực phẩm, nông sản.
Cụ thể, Hiệp hội Chế biến và Xuất khẩu thủy sản Việt Nam (VASEP) phản ánh nhiều doanh nghiệp bị các cơ quan quản lý nhà nước ngành thuế áp mức thuế suất cho hàng thủy sản là sơ chế với mức thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) 20% trong khi các mặt hàng đầu ra của các doanh nghiệp này đa số là sản phẩm đã qua chế biến, được phép áp dụng mức thuế thu nhập doanh nghiệp là 15%.
Trong khi đó, hiện nay hoạt động chế biến của doanh nghiệp thủy sản gồm 3 dạng: Chế biến từ sản phẩm tươi sống đã qua đông lạnh đến -18 độ C, chế biến từ sản phẩm tươi sống thành sản phẩm chín và chế biến từ nguyên liệu có pha trộn giai vị phụ liệu để ra hàng giá trị gia tăng.
Nhưng khi thanh tra, kiểm tra các doanh nghiệp chế biến thủy sản, các cơ quan ngành thuế sẽ kiểm tra thu nhập của doanh nghiệp hoạt động chế biến hay hoạt động sơ chế và với cả 3 dạng chế biến nêu trên các cơ quan ngành thuế đều không công nhận là sản phẩm chế biến mà chỉ là sơ chế khiến tỷ lệ phải nộp thuế của các doanh nghiệp thủy sản hiện tại (bao gồm cả sản phẩm xuất khẩu, tiêu thụ nội địa hay gia công) đều là 20% - không đúng với bản chất của ngành.
Bên cạnh đó, các văn bản hướng dẫn của ngành Tài chính chưa có cơ sở vững chắc xác định thế nào là sơ chế và thế nào là chế biến, sản phẩm như thế nào sẽ được coi là sản phẩm khác với nguyên liệu đầu vào.
Những vướng mắc nêu trên trong thời gian qua đã gây khó khăn, tổn thất cho nhiều doanh nghiệp chế biến thủy sản. Vì vậy, VASEP kiến nghị: "Cho phép chế biến từ sản phẩm tươi sống đã qua đông lạnh đến -18 độ C, chế biến từ sản phẩm tươi sống thành sản phẩm chín, chế biến từ nguyên liệu có pha trộn gia vị phụ liệu để ra hàng GTGT được xem là hoạt động chế biến của doanh nghiệp thủy sản và được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo Thông tư số 96/2015/TT-BTC của Bộ Tài chính".
Nhằm thực hiện chủ trương thúc đẩy phát triển ngành thủy sản, góp phần giúp doanh nghiệp giảm chi phí sản xuất, tăng cường năng lực cạnh tranh trên thị trường quốc tế, đặc biệt là trong thời kỳ hiện nay, doanh nghiệp đang gặp khó khăn bởi ảnh hưởng của dịch Covid 19, Bộ NN-PTNT đề nghị Bộ Tài chính xem xét, giải quyết và hướng dẫn về kiến nghị của VASEP.