Theo đó, các trạm Kiểm ngư được sử dụng con dấu riêng, chịu sử chỉ đạo, quản lý trực tiếp của Chi cục Thủy sản gồm: Trạm Kiểm ngư Nha Trang, Trạm Kiểm ngư Vạn Ninh, Trạm Kiểm ngư Ninh Hòa và Trạm kiểm ngư Cam Ranh-Cam Lâm-Trường Sa.
Đối với lãnh đạo Chi cục gồm Chi cục trưởng và không quá 2 Phó Chi cục trưởng theo quy định pháp luật. Biên chế công chức, số lượng người làm việc của Chi cục Thủy sản được giao trên cơ sở vị trí việc làm, gắn với chức năng, nhiệm vụ, phạm vị hoạt động và trong tổng số biên chế công chức, số lượng người làm việc trong các cơ quan, tổ chức hành chính và đơn vị sự nghiệp công lập của Sở NN-PTNT được cấp có thẩm quyền được giao.
UBND tỉnh Khánh Hòa giao Giám đốc Sở NN-PTNT có trách nhiệm chỉ đạo Chi cục trưởng Chi cục Thủy sản sắp xếp tổ chức, bố trí nhân sự của Chi cục Thủy sản đảm bảo đúng nguyên tắc và thủ tục hiện hành.
Bên cạnh đó quy định cụ thể chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Chi cục Thủy sản, cũng như chỉ đạo Chi cục trưởng Chi cục Thủy sản xây dựng quy chế, mối quan hệ công tác và quản lý chỉ đạo việc thực hiện…