Tổng kinh phí thực hiện chương trình trên 21 tỷ đồng, trong đó: ngân sách cấp tỉnh gần 13 tỷ đồng, còn lại là ngân sách cấp huyện.
Các địa phương sẽ tổ chức khoanh vùng bảo vệ một số vùng thủy nội địa, vùng biển có vị trí quan trọng về nguồn lợi thủy sản như khu vực Hòn La - Vũng Chùa; bãi Xuân Hòa; phía Nam Nhật Lệ-Mũi Lay; phía Bắc cửa sông Nhật Lệ… Qua đó, từng bước khôi phục môi trường sống của các loài thủy sản, tiếp tục duy trì hoạt động thả giống thủy sản vào môi trường tự nhiên. Điều chỉnh cơ cấu nghề khai thác thủy sản phù hợp với địa phương, giảm tối đa những hoạt động khai thác có tính hủy diệt hệ sinh thái. Chú trọng nâng cao năng lực quản lý Nhà nước, tăng cường phối hợp chặt chẽ giữa các cấp, các ngành, các tổ chức và cá nhân trong công tác bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản.
