Theo đó, mục tiêu của Đề án là nâng cao hiệu quả ngành thủy lợi phục vụ tái cơ cấu ngành nông nghiệp theo hướng nâng cao giá trị gia tăng và phát triển bền vững; đáp ứng yêu cầu phát triển của các ngành kinh tế - xã hội; nâng cao năng lực phòng chống thiên tai và ứng phó với BĐKH; góp phần hiện đại hóa cơ sở hạ tầng nông nghiệp, nông thôn và xây dựng NTM.
Những nhiệm vụ chính của Đề án gồm: Củng cố, phát triển hệ thống thủy lợi nội đồng gắn với xây dựng NTM như nâng cấp cơ sở hạ tầng thủy lợi nội đồng đáp ứng các phương thức canh tác tốt để nâng cao năng suất, chất lượng sản phẩm, giảm chi phí sản xuất, đáp ứng linh hoạt yêu cầu của thị trường, nâng cao thu nhập của nông dân, củng cố hệ thống thủy nông cơ sở;
Củng cố các tổ chức quản lý, khai thác công trình thủy lợi; phát triển một nền nông nghiệp chủ động tưới, tiêu theo hướng hiện đại như đẩy mạnh trên diện rộng các giải pháp tưới tiên tiến, tiết kiệm nước cho các cây trồng cạn chủ lực (cà phê, tiêu, điều, chè, mía, cây ăn quả, rau, hoa…); phát triển hạ tầng thủy lợi phục vụ vùng thâm canh nuôi trồng thủy sản với đối tượng nuôi chủ lực (tôm sú, tôm thẻ chân trắng, cá tra, cá rô phi) ở ĐBSCL và ven biển Trung bộ;
Nâng cao mức đảm bảo an toàn phòng chống thiên tai, bão, lũ lụt, an toàn hồ đập; chủ động phòng chống, né tránh hoặc thíhc nghi để giảm thiểu tổn thất, bảo vệ an toàn cho dân cư, đảm bảo ổn định và phát triển sản xuất trong điều kiện BĐKH và nước biển dâng; nâng cao hiệu quả quản lý rủi ro và an toàn đập bằng áp dụng các công nghệ tiên tiến và nâng cao năng lực dự báo, cảnh báo thiên tai, ưu tiên các giải pháp phi công trình; nâng cao hiệu quả quản lý, khai thác các công trình cấp nước sinh hoạt nông thôn theo hướng bền vững cả về kết cấu hạ tầng, mô hình quản lý và tài chính.
