Trong đó, phân khu bảo vệ nghiêm ngặt: 799 ha; phân khu phục hồi sinh thái: 1.242 ha; phân khu dịch vụ - hành chính: 29,5 ha.
Theo tỉnh Thừa Thiên- Huế, việc thành lập khu bảo tồn thiên nhiên đất ngập nước Tam Giang - Cầu Hai nhằm giảm thiểu các tác động làm suy giảm chất lượng môi trường sống, ảnh hưởng đến cấu trúc của hệ sinh thái, đa dạng sinh học và nguồn lợi thủy sản; tăng cường khả năng chống chịu của các hệ sinh thái trong khu bảo tồn, thích ứng với những biến động tự nhiên của đầm phá và biến đổi khí hậu.
Đồng thời, bảo tồn, phục hồi được sinh cảnh, các hệ sinh thái đặc thù, quan trọng, đa dạng sinh học và nguồn lợi thủy sản của đầm phá Tam Giang - Cầu Hai, phục hồi và phát triển quần thể của các loài chim hoang dã, quý hiếm và phát triển phân vùng Ô Lâu trở thành "sân chim" tiêu biểu của khu vực và toàn quốc.