Trước một số vướng mắc trong việc xác định thiệt hại do thiên tai, dịch bệnh nguy hiểm, gây khó khăn cho việc ra chính sách hỗ trợ, Bộ NN-PTNT đã ra Thông tư số 39/2010/TT-BNNPTNT nhằm hướng dẫn các loại thiên tai, dịch bệnh nguy hiểm được hỗ trợ theo Quyết định 142/2009/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ.
Theo đó, các loại thiên tai nguy hiểm gây thiệt hại trực tiếp cho cây trồng, vật nuôi, nuôi trồng thủy sản được hưởng chính sách hỗ trợ về giống bao gồm: bão, lũ, lũ quét, ngập lụt, hạn hán, xâm nhập mặn, rét đậm, rét hại kéo dài.
Các loại dịch hại, dịch bệnh nguy hiểm đối với cây trồng, vật nuôi và nuôi trồng thủy sản được hỗ trợ về giống bao gồm: rầy nâu, bệnh vàng lùn, lùn sọc đen, lùn xoắn lá, bệnh chồi cỏ mía, chổi rồng (đối với cây trồng); bệnh cúm gia cầm, LMLM, bệnh tai xanh ở lợn (đối với vật nuôi); bệnh đốm trắng trên tôm sú và tôm chân trắng, bệnh hội chứng Taura đối với tôm chân trắng, bệnh đầu vàng đối với tôm sú và tôm chân trắng (đối với nuôi trồng thủy sản).
Thông tư cũng nêu rõ, Chủ tịch UBND cấp tỉnh, TP trực thuộc TƯ có quyền ra quyết định công bố loại thiên tai, dịch bệnh nguy hiểm xảy ra tại địa phương. Thông tư mới được áp dụng từ ngày 13/8/2010.