Theo bản tin giám sát chất lượng nước hồ Tả Trạch và khu vực hạ du, phục vụ lấy nước sản xuất nông nghiệp cho khu vực tỉnh Thừa Thiên - Huế của Viện Khoa học Thủy lợi miền Trung và Tây Nguyên cho thấy, các mẫu quan trắc chất lượng nước tại hệ thống Tả Trạch gồm 17 điểm quan trắc và 14 chỉ tiêu phân tích nước, chất lượng nước tại hầu hết các vị trí quan trắc tốt và đảm bảo chất lượng, chỉ riêng vị trí cống Phú Cam (cống Thầy Niệm) (VT5) chất lượng nước kém hơn so với các vị trí quan trắc khác (được đánh giá ở mức trung bình).
Đặc biệt tại cống Phú Cam có chỉ tiêu BOD5, PO43- và NO2 - vượt giới hạn cho phép tương ứng 1,15 lần; 1,62 lần và 1,16 lần. Tuy nhiên vẫn đảm bảo lấy nước phục vụ sản xuất nông nghiệp và nuôi trồng thuỷ sản.
Còn độ mặn quan trắc tại 2 vị trí là đập Thảo Long (VT9) và Cống Quan (VT17) cho thấy, tại cống Quan độ mặn ở phía thượng lưu đập là 0‰ nên các trạm bơm hoặc cống lấy nước ở phía thượng lưu có thể lấy nước để tưới lúa. Tại đập Thảo Long, độ mặn phía thượng lưu đập là 0‰ nên các trạm bơm hoặc cống lấy nước ở phía thượng lưu có thể lấy nước để tưới lúa.
Viện Khoa học Thủy lợi miền Trung và Tây Nguyên khuyến cáo, lúa trong khu vực có một số nơi hiện đang trong giai đoạn thu hoạch (gần trạm bơm Thủy Châu) và một vài khu vực đang trong giai đoạn chín (gần trạm bơm Thủy Phù) chuẩn bị thu hoạch. Do đó trong quá trình lấy nước từ các trạm bơm để cấp nước cho sản xuất nông nghiệp, ngành chức năng tỉnh Thừa Thiên - Huế cần có các biện pháp xử lý giảm thiểu ô nhiễm. Đồng thời cần giám sát chặt chẽ nguồn nước xả thải từ các nhà máy, nước thải sinh hoạt, chăn nuôi để hạn chế ô nhiễm nguồn nước.