Tên gọi Sài Gòn hiện tại hầu như không liên quan gì tới nguồn gốc của họ. Bắt đầu từ năm 2008, khi CLB Thể Công bị xóa tên và chuyển giao lại cho Viettel, sau đó được chuyển giao cho tỉnh Thanh Hóa, lứa trẻ của đội này được tổ chức thành đội của Trung tâm bóng đá Viettel.
Năm 2009, đội vô địch giải hạng Ba, sau đó một năm trở thành á quân giải hạng Nhì. Năm 2010, sau khi trụ lại hạng Nhất, đội được Công ty Cổ phần Thể thao T&T mua lại và đổi tên thành CLB Hà Nội.
Hết mùa 2012, đội đoạt chức á quân hạng Nhất nhưng không thể thăng hạng vì chung bầu Hiển với CLB Hà Nội T&T tại V-League. Xin tiếp tục giữ nguyên hạng, CLB được chuyển cho chủ mới là Công ty cổ phần phát triển bóng đá Hà Nội và giữ nguyên cho tới nay.
Trong hình hài mới, đội được quyền lên đá V-League và hoàn thành mục tiêu trong mùa 2015. Ngay mùa đầu tiên đá V-League vào năm 2016, đội một lần nữa thay tên đổi họ khi Nam tiến, chọn sân Thống Nhất làm sân nhà và đổi tên thành CLB Sài Gòn như bây giờ.
Việc Nam tiến của CLB Sài Gòn được lãnh đạo TP.HCM chào đón, bởi hồi 2016, thành phố không có đội nào đá V-League.
Dù vậy, tên gọi Sài Gòn khiến chính người hâm mộ TP.HCM không mấy mặn mà. Nó khiến người ta liên tưởng đến một CLB Sài Gòn khác của bầu Thụy, có nguồn gốc từ Hà Tĩnh, và bị giải tán năm 2013. Thêm một yếu tố nữa, Sài Gòn có liên quan đến bầu Hiển, và rất ít CĐV thích cảnh một ông bầu sở hữu nhiều đội bóng.
Xuất thân lằng nhằng và không được lòng chính CĐV nhà, nên Sài Gòn thi đấu lẹt đẹt. Bước chuyển mình của họ tới trước vòng 2 mùa này, khi ông Vũ Tiến Thành kiêm nhiệm cả chức vụ chủ tịch lẫn HLV.
Từng là HLV, am tường đội bóng, ông Thành chủ trương để học trò đá phản công, đề cao tính chắc chắn. 5 trận đầu dưới quyền tướng mới, Sài Gòn thắng 2, hòa 3 và có mặt nơi tốp đầu bảng xếp hạng.
Bí quyết của Sài Gòn nằm ở tinh thần chiến đấu. Sau khi thắng TP.HCM ở vòng 4, HLV Vũ Tiến Thành chia sẻ: "Tinh thần cầu thủ chúng tôi tuyệt vời. Họ rất tuân thủ ý đồ chiến thuật".
Sau khi lên ngôi đầu bảng ở vòng 8, ông tái khẳng định điều này và nói thêm: "Cầu thủ chúng tôi cầu thị và biết lắng nghe. Dù đang đứng đầu nhưng khoảng cách với các đội phía sau không lớn. Chỉ cần một vài trận không như ý, cục diện sẽ thay đổi rất lớn".
Ông Thành không hề khiêm tốn bởi lực lượng trong tay Sài Gòn lúc này hầu hết là những "công nhân", những người nhiều kinh nghiệm, đá cần cù và hầu hết là chưa môt lần lên đỉnh cao như Quốc Long, Ngọc Duy, Đình Bảo, Bùi Trần Vũ...
Hai người duy nhất được làm nghệ sĩ dưới tay vị thuyền trưởng họ Vũ là bộ đôi ngoại binh Pedro, Geovane. Tất cả bộ máy của Sài Gòn tuân thủ triệt để đấu pháp này, và họ đã tiến lên bằng vô vàn những chiến thắng tối thiểu.
Khoảng cách với đội nhì bảng giờ đã là 4 điểm, nhưng HLV Vũ Tiến Thành chưa muốn dừng lại. Ông bộc bạch: "Lúc mới lên, tôi nói sẽ làm đến khi ổn, nhưng mà 10 trận thì sao mà ổn được. Vì vậy, tôi sẽ làm đến hết mùa".