Theo kết quả khảo sát của Viện Nước, Tưới tiêu và Môi trường năm 2020, mỗi ngày có khoảng 1.823 điểm xả thải thuộc diện cấp phép xả thải với tổng lưu lượng nước thải ước tính 148.098m3/ngày đêm xả vào CTTL Bắc Hưng Hải. Gần 100% nước thải sinh hoạt, chăn nuôi, làng nghề và 70-80% nước thải công nghiệp và các cơ sở SXKD chưa được xử lý hoặc xử lý không đạt yêu cầu trước khi xả vào công trình thủy lợi (CTTL) Bắc Hưng Hải.
Mỗi ngày có khoảng 1.823 điểm xả thải đổ vào hệ thống Bắc Hưng Hải.
Theo phản ánh của các Công ty KTCTTL, tình trạng xả nước thải chưa qua xử lý, vứt rác thải, xác gia súc, gia cầm, đồ dùng gia đình xuống kênh mương là rất phổ biến, không chỉ gây ô nhiễm nguồn nước mà còn bồi lắng kênh mương, cản trở dòng chảy, hư hỏng thiết bị trên kênh. Hàng năm các công ty chi phí khá tốn kém trong việc vớt rác và nạo vét kênh mương
Có 7 trên 10 vị trí (chiếm 70%) bị ô nhiễm nghiêm trọng gồm: Cống Xuân Thụy, cầu Như Quỳnh, cống Kênh Cầu, cống Ngọc Đà, cống Phần Hà, cống Ngọc Lâm và cống Bình Lâu.
Nhiều doanh nghiệp, KCN mặc dù đã đầu tư xây dựng hệ thống xử lý nước thải nhưng do chi phí vận hành tốn kém nên các doanh nghiệp thường không vận hành khi không bị kiểm tra. Nhiều doanh nghiệp hệ thống xử lý nước thải không đạt yêu cầu, chỉ bao gồm các bể lắng, lọc và các ao chứa nước thải chờ thời cơ xả ra kênh, mương. Tình trạng xả trộm nước thải chưa qua xử lý khi trời mưa, vào những ngày lễ tết hoặc khi xả nước từ các hồ thượng nguồn là rất phổ biến dẫn đến tại nhiều điểm quan trắc ô nhiễm nước trong mùa mưa cao hơn sơ với mùa khô.
Theo Viện Nước, Tưới tiêu và Môi trường, CTTL Bắc Hưng Hải được thiết kế chỉ với nhiệm vụ tưới tiêu phục vụ SXNN và quy trình vận hành hệ thống chủ yếu mới xây dựng cho các công trình đầu mối và hệ thống sông trục chính phục vụ tưới tiêu, chưa tính đến vận hành các công trình tiêu nước thải để giảm thiểu ô nhiễm nước. Sông Kim Sơn có nhiệm vụ cấp nước cho toàn hệ thống thuộc quản lý của Công ty BHH, trong khi các công trình tiêu nước thải gây ô nhiễm nước cho sông Kim Sơn.
Do mỗi công trình tiêu nước thải thuộc quản lý của các địa phương khác nhau nên không có sự phối hợp trong vận hành để giảm thiểu ô nhiễm nước. Các công trình tiêu nước thải vẫn có thể hoạt động vào những thời điểm lấy nước phục vụ SXNN hoặc thời điểm hạn hán phải đóng cống Xuân Quan và Cầu Xe, An Thổ để trữ nước làm cho tình trạng ô nhiễm nước càng trầm trọng.
Theo kết quả quan trắc của viện, chất lượng nước tại thượng lưu cống Xuân Quan đã có sự suy giảm, cả 2 đợt quan trắc chỉ số WQI không đạt yêu cầu nước cấp cho sản xuất nông nghiệp. Chất lượng nước tại cống An Thổ và Cầu Xe tốt hơn so với cống Xuân Quan nhưng cũng chỉ có đợt quan trắc 13/7/2020 đạt tiêu chuẩn nước tưới, tiêu phục vụ sản xuất nông nghiệp. Đợt quan trắc ngày 11/8/2020 chỉ số WQI không đạt yêu cầu nước cấp cho sản xuất nông nghiệp do bị ảnh hưởng của các nguồn thải trong hệ thông khi gạn tháo thay nước trong hệ thống ra sông ngoài.
Công tác lấy mẫu phân tích tại các điểm quan trắc trên hệ thống Bắc Hưng Hải của viện.
Cùng đó, đợt tháng 7/2020 có 2 trên 10 vị trí đạt tiêu chuẩn nước tưới, tiêu, trong khi đợt tháng 8 100% các vị trí quan trắc không đạt chất lượng nước phục vụ tưới tiêu. Đánh giá mức độ ô nhiễm của các thông số hóa lý và vi sinh: các thông số TSS, BOD5, COD, NO2-, PO43- chủ yếu vượt QCVN ở mức < 5 lần thuộc nguồn nước bị ô nhiễm, trong khi thông số NH4+ và Coliform có mức vượt QCVN > 10 lần (thuộc nguồn nước ô nhiễm đặc biệt nghiêm trọng).
So với chất lượng nước những năm gần đây, năm 2020 có tỷ lệ số điểm quan trắc không đạt tiêu chuẩn nước phục vụ tưới, tiêu. Tuy nhiên, mức độ ô nhiễm thể hiện qua giá trị cao nhất của các thông số hóa lý và vi sinh lại giảm hơn so các năm trước các đợt lấy mẫu năm 2020 đều vào vụ mùa, khi mực nước trong các kênh, mương đã được cải thiện.
