Theo kết luận thanh tra, tổng mức đầu tư của dự án sửa chữa kè sông Cổ Chiên (phường 1, TP. Vĩnh Long) là hơn 593 tỷ đồng. Trong đó, 500 tỷ đồng từ dự phòng ngân sách Trung ương năm 2023, 40 tỷ đồng từ ngân sách địa phương, 25 tỷ đồng từ kinh phí sử dụng sản phẩm - dịch vụ công ích thủy lợi và các nguồn khác. Tuy nhiên đến tháng 11/2024, tỉnh Vĩnh Long chưa bố trí đủ phần vốn ngân sách địa phương còn thiếu là 53,288 tỷ đồng, làm tỷ lệ giải ngân thấp và ảnh hưởng đến tiến độ thi công.
Kết luận thanh tra cũng nêu một số điều khoản ở hợp đồng xây lắp số 03/HĐ-BQLDANN&PTNT (ký ngày 30/1/2024) chưa nêu rõ phạm vi bảo lãnh tạm ứng, cách thức thu hồi cũng như thời điểm thực hiện. Trong khi đó, giá trị bồi thường, hỗ trợ tái định cư được duyệt ở mức 205,688 tỷ đồng, nhưng hợp đồng chỉ ghi 130 tỷ đồng mà chưa cập nhật.
Thanh tra còn chỉ ra nhiều khoản chi phí không phù hợp, như chi phí kiểm tra nghiệm thu, hoàn trả hạ tầng kỹ thuật và trồng cây xanh bị tính thừa khoảng 1 tỷ đồng mỗi hạng mục.
Một số hạng mục khác như cống thoát nước, hay bến phà An Bình bị tính sai khối lượng, làm tăng dự toán không cần thiết, dẫn đến nguy cơ thất thoát ngân sách.
Thanh tra Bộ Tài chính yêu cầu UBND tỉnh Vĩnh Long nhanh chóng bổ sung vốn thiếu, điều chỉnh chi phí bất hợp lý, đẩy nhanh giải phóng mặt bằng và hoàn thiện hợp đồng. Các tổ chức, cá nhân liên quan cũng cần kiểm điểm trách nhiệm và khắc phục sai sót trước quý I/2025 để tránh nguy cơ dự án đội vốn và kéo dài thời gian thực hiện.