Nghề nuôi trồng thủy sản của Hà Nội đang gặp nhiều khó khăn, đặc biệt là nguồn nước cấp vào chủ yếu từ các sông lớn, trong khi đa số các dòng sông này trong tình trạng bị thiếu về lưu lượng và ô nhiễm về chất lượng. Do đó thủy sản nuôi thường chậm lớn, thậm chí bị bệnh và chết.
Mặt khác, giá thức ăn liên tục tăng cao khiến giá thành sản phẩm thủy sản bị vọt lên trong khi đầu ra lại thường bấp bênh, bán với giá thấp. Cuối cùng là việc phát triển đô thị, công nghiệp đã phần nào chia cắt, làm hỏng cơ sở hạ tầng ở các vùng nuôi trồng thủy sản tập trung, gây nên tình trạng chắp vá, hạn chế cho việc phát triển sản xuất.
Bởi thế mà ở vùng nuôi trồng thủy sản thâm canh năng suất trung bình chỉ đạt hơn 10 tấn/ha/năm; vùng nuôi trồng thủy sản kiểu truyền thống chỉ đạt 4 - 5 tấn/ha/năm.
Trong kế hoạch số 63 của UBND TP Hà Nội về thực hiện chiến lược phát triển thủy sản đến năm 2030, tầm nhìn đến năm 2045 nêu rõ sự cần thiết để tổ chức lại sản xuất theo hướng bền vững, vừa gia tăng năng suất vừa đảm bảo chất lượng, mục đích cuối cùng là tạo giá trị gia tăng cho sản phẩm thủy sản, giúp người nuôi làm giàu.
Hà Nội phấn đấu đến năm 2030 sẽ có 10.000ha nuôi trồng thủy sản tập trung với năng suất trung bình 15 tấn/ha/năm.