Theo quy định tại Luật Thủy sản, hiện quản lý chuỗi cá tra có ba đơn vị chính, trong đó Tổng cục Thủy sản được giao nhiệm vụ quản lý nhà nước về giống, thức ăn, hóa chất, chế phẩm sinh học, vi sinh vật dùng để xử lý, cải tạo môi trường trong nuôi trồng thủy sản và công đoạn nuôi thường phẩm.
Cục Quản lý Chất lượng Nông lâm sản và Thủy sản (Nafiqad) quản lý chất lượng, ATTP từ công đoạn sau thu hoạch và chế biến, xuất khẩu, đưa ra thị trường trong nước. Cục Thú y quản lý thuốc thú y, hóa chất khử trùng.
Theo báo cáo chuyên đề về quản lí chất lượng, an toàn thục phẩm chuỗi giá trị cá tra do Nafiqad công bố, để quản lý ngành hàng cá tra hiệu quả theo chuỗi giá trị, năm 2018 Bộ NN-PTNT đã phê duyệt Đề án liên kết sản xuất giống cá tra 3 cấp chất lượng cao vùng ĐBSCL nhằm giải quyết căn bản vấn đề giống trong chuỗi sản xuất cá tra.
Mục tiêu của Đề án xây dựng sản xuất giống cá tra 3 cấp chất lượng cao vùng ĐBSCL nhằm đáp ứng đủ nhu cầu con giống chất lượng cao, ổn định cung cầu về sản xuất giống, có thương hiệu, truy suất nguồn gốc, huy động các thành phần kinh tế tham gia chuỗi, góp phần phát triển ngành cá tra theo hướng bền vững, đáp ứng yêu cầu của thị trường trong nước và quốc tế.
Cụ thể, năm 2020 đặt kỳ vọng các chuỗi sản xuất giống cá tra 3 cấp đáp ứng 50% và 2025 đáp ứng 100% nhu cầu giống cá tra chất lượng cao cho vùng ĐBSCL, nhu cầu toàn vùng là 2,2 - 3 tỷ cá tra giống.
Về quản lý khâu chế biến, tiêu thụ, theo Nafiqad, hiện cả nước có trên 100 cơ sở chế biến cá tra với tổng công suất thiết kế ước đạt 1,5 triệu tấn nguyên liệu/năm, chủ yếu tập trung tại các tỉnh ĐBSCL.
Cũng theo Nafiqad, đặc thù riêng của ngành hàng cá tra, góp phần đảm bảo chất lượng, an toàn thực phẩm là cá thương phẩm được vận chuyển thẳng từ cơ sở nuôi đến cơ sở chế biến hoặc các chợ bán buôn bán lẻ mà khôn qua công đoạn lưu trữ, bảo quản trung gian tại các nậu, vựa, đại lý như nhiều sản phẩm thủy sản khác. Chính vì vậy, các liên kết chuỗi ngang, chuỗi dọc trong sản xuất, chế biến, tiêu thụ cá tra đã hình thành từ rất sớm.
Hiện nay, hình thức liên kết ngang giữa người nuôi với người nuôi theo hình thức HTX hoặc chi hội, giữa doanh nghiệp với doanh nghiệp và liên kết dọc giữa người nuôi với các doanh nghiệp chế biến thủy sản hoặc sản xuất vật tư đầu vào đã hình thành từ năm 2004, từng bước thay thế dần hình thức mua bán dựa trên cơ sở thỏa thuận tại thời điểm xảy ra thương vụ.
Theo hình thức liên kết dọc, người nuôi liên kết với các công ty chế biến xuất khẩu thủy sản hoặc công ty sản xuất thức ăn thủy sản teo hợp đồng được ký kết giữa hai bên. Ở hình thức liên kết này, người nuôi được công ty đầu tư 100% thức ăn và khoán cố định theo hệ số tiêu tốn thức ăn thủy sản theo hợp đồng ký kết giữa hai bên.
Hình thức liên kết dọc thể hiện nhiều ưu điểm như chi phí đầu tư ban đầu mà người nuôi bỏ ra thấp, đầu ra sản phẩm được doanh nghiệp bao tiêu, chi phí lấy mẫu kiểm dư lượng kháng sinh giảm và quan trọng hơn cả, đây là hình thức liên kết có ít rủi ro và giúp người nuôi cá tra duy trì sản xuất ổn định.
Với mô hình liên kết chế biến - tiêu thụ, ngày 9/6/2020 Bộ NN-PTNT đã tổ chức Hội nghị kết nối sản xuất, tiêu thụ cá tra tại Hà Nội cho các doanh nghiệp sản xuất, chế biến cá tra với doanh nghiệp tiêu thụ trong nước.
Theo số liệu thống kê, đến nay đã và đang có 3 chuỗi liên kết chế biến - tiêu thụ đang vận hành, đó là: Công ty CP Dầu cá châu Á tiếp tục cung cấp sản phẩm dầu ăn cho hệ thống siêu thị Big C, đơn vị thuộc Tập đoàn Central Reatail Việt Nam; Công ty CP Nam Việt tiếp tục cung cấp sản phẩm cá tra ra miền Bắc thông qua Xí nghiệp Bắc Hà. Tính từ tháng 6/2020 đến nay, chuỗi này đã cung cấp khoảng 300 tấn cá tra cho thị trường Hà Nội.
Công ty CP Nam Việt cung ký hợp đồng tiêu thụ sản phẩm cá tra ra miền Bắc với Công ty CP An Việt qua các kênh bếp ăn trường học, kênh sàn giao dịch về bếp ăn khu công nghiệp. Dự kiến, sản phẩm cá tra có mặt ở phía Bắc thông qua chuỗi này bắt đầu từ tháng 9/2020, dự kiến mỗi năm tiêu thụ khoảng 5.000 tấn.