Cụ thể, chưa ban hành được cơ chế chính sách đặc thù cho sản xuất, kinh doanh và tiêu thụ rau, thịt an toàn và tiêu chí quy định về yêu cầu sản phẩm được đưa về tiêu thụ tại Hà Nội. Sự phát triển các chuỗi và số lượng sản phẩm chưa đồng đều giữa các địa phương do việc thực hiện quy hoạch vùng sản xuất ở một số nơi còn lỏng lẻo, sản xuất nhỏ lẻ, manh mún, chưa có nhiều vùng đảm bảo chất lượng theo tiêu chuẩn VietGap, GlobalGap, hữu cơ...Chất lượng sản phẩm của từng mùa vụ chưa đồng đều, tỷ lệ được tiêu thụ thông qua hợp đồng và truy xuất nguồn gốc thấp, sự liên kết, kết nối thiếu bền vững.
Công tác cung cấp thông tin thị trường, sản lượng hàng hóa vào, ra giữa các tỉnh về Hà Nội và ngược lại còn gặp nhiều khó khăn. Hà Nội chưa xây dựng được hệ thống logistic hoàn chỉnh để có thể lưu giữ sản phẩm của các tỉnh được đảm bảo, giá cả ổn định. Việc tuyên truyền, quảng bá thương hiệu, sản phẩm, còn chưa được thường xuyên dẫn đến nhiều sản phẩm tốt, có giá trị cao, đảm bảo an toàn thực phẩm...không được các doanh nghiệp phân phối và người tiêu dùng biết đến trong khi các hộ sản xuất, HTX lại loay hoay tìm đầu ra cho sản phẩm...
Nguyên nhân của các tồn tại trên là do một số địa phương chưa quan tâm đúng mức đến công tác phát triển chuỗi rau, thịt trên địa bàn, sản phẩm nông sản sản xuất ra không có nhãn mác, thương hiệu. Còn ít doanh nghiệp phân phối, siêu thị, chuỗi cửa hàng có trung tâm trung chuyển, kho hàng lớn để tập trung hàng phát đến các điểm bán lẻ; Đôi khi việc vận chuyển còn chưa kịp thời gây ảnh hưởng đến chất lượng sản phẩm được giao.
Để khắc phục những tồn tại ấy của chuỗi cung cấp rau thịt an toàn cho Hà Nội trong thời gian tới cần tăng cường chỉ đạo, phối hợp và hỗ trợ các tỉnh, thành triển khai, định hướng tốt công tác quy hoạch vùng sản xuất, chăn nuôi, trồng trọt. Tránh việc các địa phương cùng sản xuất một lượng hàng hóa lớn đối với cùng một mặt hàng làm dư cung sản phẩm. Chuyển giao tiến bộ kỹ thuật mới, công nghệ cao, xây dựng các chuỗi liên kết trong sản xuất, tiêu thụ sản phẩm có chất lượng. Phối hợp các tỉnh thành trong công tác tập huấn, tư vấn cho doanh nghiệp về phát triển thương hiệu, sản phẩm nông nghiệp và xây dựng chiến lược sản xuất kinh doanh trong thời kỳ hội nhập.
Xây dựng chương trình, dự án về cơ sở hạ tầng cho các vùng sản xuất trồng trọt, chăn nuôi, nuôi trồng an toàn, giết mổ gia súc, gia cầm tập trung. Hỗ trợ các chuỗi sản xuất đăng ký nhãn hiệu, bảo hộ quyền sở hữu trí tuệ, phát triển thương hiệu sản phẩm nông nghiệp theo quy định. Phát triển hệ thống truy xuất nguồn gốc nông lâm thủy sản thực phẩm trên địa bàn thành phố tích hợp với hệ thống truy xuất nguồn gốc hàng hóa quốc gia. Tiến hành rà soát quy hoạch, chiến lược phát triển, kế hoạch sản xuất theo lợi thế và nhu cầu thị trường để phân loại thành 3 trục sản phẩm: nhóm sản phẩm chủ lực quốc gia, nhóm sản phẩm chủ lực cấp tỉnh và nhóm sản phẩm là đặc sản địa phương theo mô hình “Mỗi xã một sản phẩm”.
Mục tiêu cụ thể đến năm 2025 là 100% cán bộ quản lý an toàn thực phẩm các cấp được đào tạo, tập huấn đầy đủ kiến thức. Người sản xuất, chế biến, lưu thông, kinh doanh trong chuỗi ngành hàng được phổ biến, hướng dẫn về liên kết trong sản xuất tiêu thụ nông sản an toàn. Người tiêu dùng được hướng dẫn lựa chọn, nhận diện các sản phẩm thuộc chuỗi liên kết sản xuất tiêu thụ nông, lâm, thủy sản an toàn. Duy trì, tăng mới hơn 50% số chuỗi liên kết sản xuất tiêu thụ nông, lâm thủy sản an toàn tiêu thụ trên địa bàn Hà Nội. Hình thành, hỗ trợ phát triển khoảng 15 khu chế biến nông sản gắn với chuỗi giá trị, áp dụng công nghệ tiên tiến, hiện đại, có năng lực cạnh tranh đáp ứng nhu cầu thị trường trong nước và có cơ sở đáp ứng tiêu chuẩn xuất khẩu...