Những năm gần đây, diện tích nuôi cá tra ở ĐBSCL tăng lên rất nhanh, chính vì thế mà nhu cầu về con giống cũng rất cao. Các cơ sở sản xuất cá tra giống nhân tạo cũng mọc lên rất nhiều, vì thế năng lực sản xuất đủ khả năng đáp ứng nhu cầu về con giống cá tra bột cho các ao nuôi.
Tuy nhiên, qua thực tế sản xuất mấy năm qua cho thấy chất lượng cá tra giống đang giảm sút nghiêm trọng. Điều này được thể hiện qua tỷ lệ cá sống từ giai đoạn cá bột lên cá hương, sức tăng trưởng của cá trong nuôi thâm canh và khả năng chống chịu với dịch bệnh ngày một kém đi. Nhiều lô cá giống có hiện tượng bị mất sắc tố da, hiện tượng này đang có chiều hướng gia tăng trong quá trình sinh sản cá nhân tạo trong thời gian gần đây. Nguyên nhân chủ yếu là do bị thoái hoá giống.
Có nhiều nguyên nhân dẫn đến sự thoái hóa của con giống đó là có không ít các trại sản xuất cá tra bột chưa thực hiện tốt việc tuyển chọn và quản lý đàn cá bố mẹ. Hầu hết các trại giống đều chạy theo lợi nhuận trước mắt mà không tính đến sức khỏe đàn cá về lâu dài. Nhiều cơ sở sử dụng đàn cá nuôi thương phẩm, trọng lượng cá bố mẹ chưa thành thục (trọng lượng nhỏ hơn 3kg/con) đã cho khai thác sinh sản nhân tạo. Việc cho đẻ sớm bằng cách kích thích và cho đẻ nhiều lần trong năm đã làm chất lượng cá giống ngày càng kém. Các trại giống thường lấy cá bố mẹ cùng đàn nên đã xảy ra hiện tượng đồng huyết làm giảm chất lượng con giống. Chính vì thế việc phục tráng nhằm tạo ra đàn cá giống có sức sống tốt là điều rất quan trọng.
Việc cần làm là tuyển chọn đàn cá tra bố mẹ chất lượng cao đảm bảo tiêu chí không cận huyết, không đồng huyết và từng bước cải thiện tình trạng về tốc độ tăng trưởng để cung cấp cho các cơ sở sản xuất cá tra bột trong vùng. Áp dụng bắt buộc việc quản lý đàn cá bố mẹ theo phương pháp đánh dấu, đảm bảo truy xuất nguồn gốc rõ ràng. Các cơ sở được hướng dẫn qui trình sinh sản nhân tạo đạt tiêu chuẩn ngành và hướng tới đạt tiêu chuẩn quốc tế.
Cần xây dựng qui trình sản xuất theo tiêu chuẩn Global GAP để thực hiện việc tuyển chọn đàn cá tra bố mẹ chất lượng thay thế dần đàn cá hiện có ở các cơ sở trong vùng. Phương pháp tốt nhất là nhập cá bố mẹ từ nơi khác đến cho lai với cá địa phương. Biện pháp lai xa sẽ tạo con lai có sức sống tốt. Trong thời gian qua nhiều cơ sở sản xuất giống cá tra đã cho nhập cá tra hoang dã có nguồn gốc từ Campuchia về nuôi vỗ để phục vụ cho công tác tuyển chọn và thay đổi đàn.
Với phương pháp cho lai xa các đàn cá từ nguồn cá bố mẹ cải thiện di truyền về tốc độ tăng trưởng và cá hoang dã Campuchia, chọn lọc tính trội theo phương pháp chọn lọc gia đình sẽ tuyển chọn được cá tra hậu bị có chất lượng tốt để cung cấp cho các cơ sở sản xuất cá tra bột trong khu vực.
Đàn cá được tạo ra bằng phương pháp lai xa này sẽ khắc phục được tình trạng cá giống bị cận huyết, đồng huyết, sức sống cá giống sẽ được cải thiện đáng kể. Tuy nhiên về lâu dài phải thay thế toàn bộ đàn cá bố mẹ hiện có bằng đàn cá bố mẹ đã qua tuyển chọn. Ngoài các giải pháp về chuyên môn, vai trò quản lý chất lượng của các cấp, các ngành về chất lượng của các cơ sở sản xuất cá tra bột theo tiêu chuẩn ngành cũng hết sức quan trọng. Cần có giải pháp tích cực hơn, kiên quyết ngưng cấp phép cho các cơ sở sản xuất không đảm bảo tiêu chuẩn kỹ thuật. Không nhất thiết phải có nhiều cơ sở, nhiều lượng cá bố mẹ mà chỉ cần có đủ cơ sở sản xuất và đàn cá bố mẹ đạt tiêu chuẩn chất lượng cao.
