Theo bản tin giám sát chất lượng nước hồ Tả Trạch và khu vực hạ du, phục vụ lấy nước sản xuất nông nghiệp cho khu vực tỉnh Thừa Thiên - Huế của Viện Khoa học Thủy lợi miền Trung và Tây Nguyên, các mẫu quan trắc chất lượng nước tại hệ thống thủy lợi Tả Trạch gồm 17 điểm quan trắc và 14 chỉ tiêu phân tích nước ngày 18/6 cho thấy, chất lượng nước tại hầu hết các vị trí quan trắc tốt và đảm bảo chất lượng nước, chỉ riêng vị trí cống Phú Cam (cống Thầy Niệm) (VT5) chất lượng nước kém hơn so với các vị trí quan trắc khác (được đánh giá ở mức trung bình).
Đặc biệt tại cống Phú Cam có chỉ tiêu BOD5 PO43- -P(1) và NO2- vượt giới hạn cho phép tương ứng 1,22; 1,42 và 1,08 lần. Tuy nhiên vẫn đảm bảo lấy nước phục vụ sản xuất nông nghiệp.
Còn độ mặn quan trắc tại 2 vị trí là đập Thảo Long (VT9) và cống Quan (VT17) ngày 18/6 cho thấy, tại cống Quan độ mặn ở phía thượng lưu đập là 0‰ nên các trạm bơm hoặc cống lấy nước ở phía thượng lưu có thể lấy nước để tưới lúa. Tại đập Thảo Long, độ mặn phía thượng lưu đập là 0‰ nên các trạm bơm hoặc cống lấy nước ở phía thượng lưu có thể lấy nước để tưới lúa.
Viện Khoa học Thủy lợi miền Trung và Tây Nguyên khuyến cáo, lúa trong khu vực hiện đang trong giai đoạn đẻ nhánh, lên cây con, do đó trong quá trình lấy nước từ các trạm bơm để cấp nước cho sản xuất nông nghiệp, ngành chức năng cần có các biện pháp xử lý giảm thiểu ô nhiễm. Đồng thời cần có biện pháp giám sát chặt chẽ nguồn nước xả thải từ các nhà máy, nước thải sinh hoạt, chăn nuôi để hạn chế ô nhiễm nguồn nước.