Mục tiêu của dự thảo là quy hoạch khai thác thủy sản một cách bền vững. Trong đó, tiếp tục giảm số lượng tàu cá xuống còn 83.600 chiếc vào năm 2030. Cụ thể, số tàu vùng ven bờ (chiều dài 6-12m) là 39.000 chiếc, chiếm 46,6%; tàu vùng lộng (dài từ 12-15m) là 17.060 chiếc, chiếm 20,4%, vùng khơi (chiều dài hơn 15m) là 27.540 chiếc, khoảng 33%. Riêng tàu cá có chiều dài trên 24m là 2.994 chiếc, chiếm 3,6%.
Chia theo nghề khai thác, số tàu lưới kéo là 8.360 chiếc, chiếm 10%; tàu lưới vây là 5.112 chiếc, chiếm 6,1%; lưới rê là 33.697 chiếc, chiếm 40,3%; nghề câu là 13.377 chiếc, chiếm 16%; nghề câu cá ngừ đại dương là 2.460 chiếc, chiếm 2,9%; nghề chụp là 2.480 chiếc, chiếm 3,0%; nghề lồng bẫy là 2.450 chiếc, chiếm 2,9%. Còn lại là các nghề khác và dịch vụ hậu cần.
Theo lộ trình giảm số lượng tàu cá chung của cả nước, địa phương giảm tối thiểu 12% tổng số tàu cá so với năm 2020, từ giờ đến 2030, nhằm bảo đảm phát triển khai thác thủy sản hiệu quả và bền vững.
Về cơ cấu nghề khai thác thủy sản, tại vùng ven bờ, số tàu lưới rê chiếm 57,0%; nghề câu chiếm 16,2%%; nghề lồng bẫy chiếm 2,2%; nghề khác chiếm 24,6%. Tại vùng lộng, lưới kéo chiếm 15,6%; lưới rê chiếm 29,0%; lưới vây chiếm 7,3%; nghề câu chiếm 27,9%; nghề câu cá ngừ đại dương chiếm 0,4%; nghề chụp chiếm 3,1%; nghề lồng bẫy chiếm 5,3%, còn lại là dịch vụ hậu cần.
Tại vùng khơi, số tàu lưới kéo chiếm 20,7%; lưới rê chiếm 23,7%; lưới vây 14,1%; nghễ câu chiếm 8,4%; nghề câu cá ngừ đại dương chiếm 8,7%; nghề chụp chiếm 7,1%; nghề lồng bẫy chiếm 2,5%; còn lại là các nghề khác.
Song song với định hướng "tăng nuôi trồng, giảm cường lực khai thác", dự thảo cũng đề cao công tác bảo vệ phát triển nguồn lợi thủy sản. Từ giờ đến năm 2030, cả nước sẽ duy trì hoạt động và thành lập mới 29 khu bảo tồn biển. Trong đó, theo phân hạng khu bảo tồn có 2 vườn quốc gia, 12 khu dự trữ thiên nhiên và 15 khu bảo tồn loài-sinh cảnh; theo phân cấp có 11 khu bảo tồn biển cấp quốc gia và 18 khu bảo tồn biển cấp tỉnh.
Đồng thời, 59 khu bảo vệ nguồn lợi thủy sản, 63 khu vực cấm khai thác thủy sản có thời hạn, 27 khu vực cư trú nhân tạo cho các loài thủy sản được hình thành. Cùng với đó, ngành thủy sản thực hiện lưu giữ 113 nguồn gen loài nguy cấp, quý, hiếm, bản địa, đặc hữu, có giá trị kinh tế và khoa học; bảo vệ đường di cư sinh sản tự nhiên của 32 loài thủy sản, gồm 20 loài cá, 5 loài rùa biển, 2 loài tôm, 4 loài mực và 1 loài ghẹ.
Trên vùng nội địa, công tác bảo vệ nguồn lợi thủy sản sẽ quy hoạch 63 khu bảo vệ, trong đó 14 khu trên hồ và 49 khu trên sông. Ngoài ra, xác định 53 khu vực cấm khai thác thủy sản có thời hạn, với 19 khu trên hồ và 34 khu trên sông.
Ngành thủy sản đặt mục tiêu lưu giữ nguồn gen của 40 loài thủy sản; tiếp tục bảo vệ đường di cư tự nhiên của 5 loài thủy sản nguy cấp, quý, hiếm là cá mòi cờ chấm, cá mòi cờ hoa, cá chình bông, cá chình mun, cá cháy; và 8 loài khác gồm: cá anh vũ, cá lăng chấm, cá chiên, cá tra dầu, cá hô, cá vồ cờ, cá chài, cà ra.
Để đạt những mục tiêu trên, ngành thủy sản dự kiến khoanh vùng bảo vệ nguồn lợi thủy sản và bảo tồn đa dạng sinh học trên diện tích 2,89 triệu ha (khoảng 2,89% tổng diện tích vùng biển). Trong đó, khu bảo tồn biển là 0,4 triệu ha; khu vực cấm khai thác thủy sản có thời hạn khoảng 1,75 triệu ha; khu bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản khoảng 0,65 triệu ha; khu vực cư trú nhân tạo cho các loài thủy sản khoảng 25,3 nghìn ha.
Trên sông, hồ, tổng diện tích khu vực được khoanh vùng bảo vệ nguồn lợi thủy sản là khoảng 36,5 nghìn ha. Bên cạnh đó, dự thảo xác định tổng diện tích đất và mặt nước cho phát triển hệ thống cảng cá và khu neo đậu tránh trú bão tối thiểu là 5.458 ha, trong đó 624 ha nằm trên đất liền.
Thứ trưởng Bộ NN-PTNT Phùng Đức tiến lưu ý, quy hoạch bảo vệ và khai thác nguồn lợi thủy sản sắp tới cần đảm bảo tính khả thi và giải quyết triệt để những khu bảo tồn có sự trùng lặp về phạm vi đã được quy hoạch trong phát triển kinh tế xã hội của địa phương như khu vực Hòn Mê và vịnh Vân Phong. Đồng thời, Thứ trưởng yêu cầu quy hoạch cần điều chỉnh theo hướng tăng diện tích khu bảo tồn biển, góp phần thực hiện Nghị quyết số 36 của Ban chấp hành Trung ương Đảng khóa XII ban hành ngày 22/10/2018 về phát triển bền vững kinh tế biển VIệt Nam.