Trong công văn số 3864/TCHQ-TXNK ngày 11/6/2020, Tổng cục Hải quan cho biết, cơ quan này đã nhận được phản ánh vướng mắc của một số doanh nghiệp, hiệp hội, hải quan địa phương về việc xử lý thuế nhập khẩu đối với mặt hàng hạt giống rau và hạt giống dưa các loại nhập khẩu.
Theo Tổng cục Hải quan, khoản 12 Điều 16 Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH13 quy định “Giống cây trồng; giống vật nuôi; phân bón, thuốc bảo vệ thực vật trong nước chưa sản xuất được, cần thiết nhập khẩu theo quy định của cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền” thuộc đối tượng miễn thuế nhập khẩu.
Điều 18 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP ngày 1/9/2016 của Chính phủ quy định: Giống cây trồng, giống vật nuôi, phân bón, thuốc bảo vệ thực vật trong nước chưa sản xuất được, cần thiết nhập khẩu để phục vụ trực tiếp cho hoạt động nông nghiệp, lâm nghiệp, ngư nghiệp được miễn thuế nhập khẩu theo quy định tại khoản 12 Điều 16 Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu.
Căn cứ để xác định hàng hóa trong nước chưa sản xuất được thực hiện theo quy định của Bộ Kế hoạch và Đầu tư. Căn cứ để xác định hàng hóa nhập khẩu thuộc Danh mục giống cây trồng, giống vật nuôi, phân bón, thuốc bảo vệ thực vật cần thiết nhập khẩu thực hiện theo quy định của Bộ NN-PTNT. Hồ sơ, thủ tục miễn thuế thực hiện theo quy định tại Điều 30, Điều 31 Nghị định 134/2016/NĐ-CP.
Khoản 1, khoản 4 Điều 40 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP quy định: Bộ Kế hoạch và Đầu tư ban hành danh mục hàng hóa trong nước đã sản xuất được làm căn cứ xác định hàng hóa trong nước chưa sản xuất được quy định tại các Điều 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 23, 24, 25 và 28 của Nghị định này. Bộ NN-PTNT ban hành Danh mục hoặc tiêu chí để xác định giống cây trồng, giống vật nuôi, phân bón, thuốc bảo vệ thực vật cần thiết nhập khẩu.
Theo Phụ lục IX Thông tư số 01/2018/TT-BKHĐT ngày 30/3/2018 của Bộ Kế hoạch và Đầu tư (có hiệu lực từ 15/5/2018), các mặt hàng hạt giống dưa, hạt giống rau không thuộc danh mục giống cây trồng, giống vật nuôi, phân bón, thuốc bảo vệ thực vật trong nước đã sản xuất được.
Ngày 31/7/2017, Văn phòng Chính phủ có công văn số 7956/VPCP-KTTH thông báo ý kiến của Thủ tướng Chính phủ về việc triển khai thực hiện Nghị định 134/2016/NĐ-CP. Theo đó yêu cầu Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ NN-PTNT cùng một số bộ khác, trong năm 2017 phải hoàn thành việc ban hành danh mục hoặc tiêu chí hàng hóa làm căn cứ áp dụng chính sách thuế nhập khẩu.
Trong thời gian chờ ban hành, có văn bản thông báo tới các Bộ, cơ quan, doanh nghiệp về danh mục hàng hóa làm căn cứ miễn thuế nhập khẩu theo quy định.
Ngay sau đó, ngày 17/8/2017, Tổng cục Hải quan đã có công văn số 5436/TCHQ-TXNK gửi các Bộ liên quan, đề nghị sớm ban hành Danh mục hoặc tiêu chí hàng hóa làm căn cứ áp dụng chính sách thuế nhập khẩu. Trong thời gian các Bộ chưa ban hành Danh mục, tiêu chí, đề nghị các Bộ có văn bản xác nhận Danh mục hàng hóa nhập khẩu của doanh nghiệp đáp ứng quy định miễn thuế tại Nghị định 134/2016/NĐ-CP.
Căn cứ các quy định, hướng dẫn nêu trên, trường hợp hạt giống rau, hạt giống dưa các loại nhập khẩu không thuộc Danh mục hàng hóa trong nước đã sản xuất được ban hành kèm theo Thông tư số 01/2018/TT-BKHĐT ngày 30/3/2018 của Bộ Kế hoạch và Đầu tư, và thuộc Danh mục hoặc tiêu chí được Bộ NN-PTNT xác nhận là giống cây trồng cần thiết nhập khẩu, thì được miễn thuế nhập khẩu theo quy định tại khoản 12 Điều 16 Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH13, Điều 18 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP.
Do đó, Tổng cục Hải quan đề nghị Cục Hải quan các tỉnh, thành phố hướng dẫn doanh nghiệp nhập khẩu các mặt hàng hạt giống rau và hạt giống dưa các loại nêu trên liên hệ với Bộ NN-PTNT để xác nhận là giống cây trồng cần thiết nhập khẩu làm cơ sở để thực hiện miễn thuế.