Tuy nhiên, những năm gần đây, một số hộ nuôi tôm có điều kiện về vốn, kỹ thuật, ao nuôi gần các sông lớn… đã chuyển sang hình thức nuôi tôm siêu thâm canh.
Theo thống kê, địa bàn toàn huyện Mỹ Xuyên có trên 150 hộ nuôi theo hình thức này với khoảng 280 ha, tập trung ở các xã Ngọc Đông, Ngọc Tố, Hòa Tú 2 và Gia Hòa 1. Đây là mô hình nuôi có năng suất và sản lượng rất lớn.
Tuy nhiên, song song với việc tạo ra sản lượng lớn thì lượng thức ăn sử dụng rất nhiều và vì thế chất thải từ các ao này cũng rất lớn.
Qua kiểm tra thực tế, hầu hết các trại nuôi tôm siêu thâm canh trên địa bàn huyện đều có hệ thống xử lý chất thải và nước thải như sử dụng hầm ủ Biogas, ao sinh học trồng thực vật thủy sinh, tuần hoàn tái sử dụng nước...
Tuy vậy, một số hộ nuôi do diện tích nhỏ hoặc tận dụng diện tích để làm ao nuôi, tiết kiệm chi phí xử lý nước thải... mà xử lý chất thải, nước thải chưa triệt để, không đảm bảo tiêu chuẩn và thải ra môi trường chung. Điều này có nguy cơ làm ô nhiễm môi trường và phát tán mầm bệnh.
Trước tình hình đó, Phòng Nông nghiệp - PTNT huyện Mỹ Xuyên đã phối hợp với các cơ quan chuyên môn của tỉnh, huyện và UBND các xã nuôi tôm tăng cường công tác kiểm tra việc xử lý chất thải, nước thải ở các trại nuôi tôm siêu thâm canh này.
Các cơ quan chuyên mô khuyến cáo các trại nuôi tôm siêu thâm canh cần đầu tư hệ thống xử lý chất thải, nước thải đạt tiêu chuẩn trước khi thải ra môi trường chung, tốt nhất là tái sử dụng nước thải, thực hiện cam kết bảo vệ môi trường...