Theo đó, Trung tâm Điều hành Chương trình chống ngập nước TP chịu trách nhiệm đối với các tuyến sông, kênh, rạch có chức năng phục vụ thoát nước. Sở GT-VT chịu trách nhiệm đối với các tuyến sông, kênh, rạch có chức năng phục vụ giao thông thủy. Sở TN-MT chịu trách nhiệm đối với các tuyến kênh Đôi - kênh Tẻ, Tàu Hủ - Bến Nghé, kênh Nhiêu Lộc - Thị Nghè và kênh Tân Hóa - Lò Gốm...
Cty TNHH MTV Quản lý khai thác dịch vụ thủy lợi TP chịu trách nhiệm đối với các tuyến kênh có chức năng phục vụ sản xuất nông nghiệp thuộc hệ thống công trình thủy lợi Hóc Môn – Bắc Bình Chánh, hệ thống thủy lợi kênh Đông Củ Chi. UBND quận - huyện chịu trách nhiệm đối với các tuyến kênh, rạch còn lại nằm trên địa bàn đã được phân cấp quản lý.
