Cầu đã chứng kiến bao thăng trầm của lịch sử suốt 100 năm qua, chịu sự tàn phá nặng nề của bom đạn qua hai cuộc chiến tranh chống Pháp và Mỹ. Cầu Long Biên đã trở thành chứng nhân lịch sử, dấu tích văn hóa lịch sử đặc biệt về sự đấu tranh của người dân thủ đô.
Tuy nhiên, trong bối cảnh tuyến đường sắt đô thị số 1 được quy hoạch tại khu vực cầu Long Biên, UBND Hà Nội đã có văn bản đề nghị Bộ Giao thông Vận tải nghiên cứu, cho ý kiến về việc Hà Nội xin xếp hạng cây cầu này là di tích lịch sử nghệ thuật cấp quốc gia.
Liên quan đến dự án đường sắt qua khu vực cầu Long Biên, Bộ Giao thông Vận tải đã đề xuất 3 phương án xây mới và cải tạo cây cầu theo kiến trúc cũ.Tuy nhiên, cả 3 phương án đều chưa nhận được đồng thuận của các chuyên gia lịch sử, văn hóa. UBND Hà Nội cũng yêu cầu Bộ Giao thông tiếp tục nghiên cứu các phương án khác.