Thành tựu nổi bật nhất của BV chính là lĩnh vực ghép tạng.
Trong đó, Trung tâm Tim mạch đã phẫu thuật thành công cho khoảng 10.000 ca mổ tim với những kỹ thuật phức tạp cho bệnh tim bẩm sinh, bệnh mạch vành, bệnh van tim, 14.000 ca chụp mạch vành đặt stent...
Ngoài thực hiện thành công ghép tim, BV đã ghép thận với tỷ lệ thành công 100%.