Theo đó, các bị can gồm Trương Quang Thuận, Hiệu trưởng Trường Cao đẳng Y tế Khánh Hòa từ ngày 1/1/2016 đến ngày 31/3/2017 và Vũ Viết Sơn, Hiệu trưởng Trường Cao đẳng Y tế Khánh Hoà từ ngày 1/4/2017 đến ngày 31/12/2018 đã bị khởi tố về tội danh “lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”.
Cùng bị khởi tố tội danh lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ” còn có bị can Lê Đức Hiền, cựu Trưởng phòng Kế hoạch Tài chính trường Cao đẳng Y tế Khánh Hòa.
Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an TP. Nha Trang áp dụng biện pháp ngăn chặn cấm đi khỏi nơi cư trú đối với 3 bị can trên để phục vụ công tác điều tra, xử lý.
Ngày 18/8/2016, ông Trương Quang Thuận ký, ban hành thông báo số 215 về việc công bố mức thu học phí năm học 2016-2017. Tuy nhiên mức thu học phí hệ ngoài công lập (hệ Cao đẳng, Trung cấp chính quy ngoài ngân sách cấp và hệ vừa học vừa làm) vượt trần học phí quy định tại Điều 5 Nghị định số 86/2015/NĐ-CP của Chính phủ nhưng sau đó ông Thuận không thực hiện việc điều chỉnh lại mức thu theo đúng quy định.
Bên cạnh đó, Trường Cao đẳng Y tế Khánh Hòa cũng không lập đề án về mức thu học phí trình UBND tỉnh Khánh Hòa phê duyệt theo quy định tại Khoản 2 Điều 2 Nghị quyết 05.
Đến thời ông Vũ Viết Sơn làm hiệu trưởng tiếp tục ký, ban hành thông báo số 200, 228 về việc công bố mức thu học phí năm học 2017 - 2018 và 2018 - 2019. Tuy nhiên, Trường Cao đẳng Y tế Khánh Hòa đã không lập đề án về các mức thu học phí trên trình UBND tỉnh phê duyệt theo quy định.
Ngày 19/3/2021, Sở Tài chính Khánh Hòa có kết luận số tiền thu sai quy định, học phí hệ ngoài công lập, của Trường Cao đẳng Y tế Khánh Hòa từ năm học 2015-2016 đến năm học 2020-2021 hơn 15,8 tỷ đồng.
Ngoài sai phạm trên, ông Trương Quang Thuận còn ký 3 kế hoạch khám sức khỏe cho học sinh, sinh viên và ông Vũ Viết Sơn ký 1 kế hoạch khám sức khỏe cho học sinh sinh viên sai quy định.
Chưa hết, Trường Cao đẳng Y tế Khánh Hòa còn thu các khoản lệ phí học lại, thi lại, lệ phí tốt nghiệp, làm bằng tốt nghiệp của học sinh sinh viên, trong khi các khoản thu này không có quy định cho phép thu. Toàn bộ số tiền thu được không nhập quỹ, không có chứng từ thu, chi và không hạch toán sổ sách kế toán của trường.
Để khắc phục hậu quả, ngày 13/5/2019, ông Thuận đã nộp lại số tiền hơn 970 triệu đồng và ngày 14/5/2019, ông Sơn nộp lại số tiền gần 500 triệu đồng.