Khuyết điểm của ông Ninh là khi được giao phụ trách Chương trình 135, đã thiếu trách nhiệm trong công tác chỉ đạo, quản lý và tổ chức thực hiện nên để lại dư luận xấu làm ảnh hưởng đến cơ quan và tổ chức Đảng.
Trong quá trình thực hiện Dự án nâng cao năng lực cho cộng đồng và cán bộ cơ sở, ông Ninh không hoàn thành kế hoạch tập huấn đề ra. Do đó, không giải ngân hết nguồn vốn được cấp, làm ảnh hưởng đến chất lượng, mục đích của dự án. Sau đó, ông Ninh còn có vi phạm đã thống nhất lập khống chứng từ để thanh toán chi phí phục vụ các lớp tập huấn do Ban Dân tộc tỉnh tổ chức.