Cụ thể, Cục Sở hữu trí tuệ được áp dụng cơ chế tự chủ tài chính như đơn vị sự nghiệp công lập tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư theo quy định tại Nghị định 16/2015/NĐ-CP ngày 14/2/2015 của Chính phủ quy định cơ chế của đơn vị sự nghiệp công lập và Nghị định 54/2016/NĐ-CP ngày 14/6/2016 của Chính phủ quy định cơ chế tự chủ của tổ chức khoa học và công nghệ công lập và các văn bản hướng dẫn thi hành các Nghị định này.
Cục Sở hữu trí tuệ được sử dụng nguồn thu phí được để lại để chi cho các hoạt động của Cục, trong đó có chi đầu tư; chi mua sắm, sửa chữa lớn tài sản, máy móc thiết bị; chi bổ sung thu nhập cho người lao động để đảm bảo hoàn thành nhiệm vụ được giao.
Quyết định có hiệu lực từ 5/5/2017 và áp dụng từ năm ngân sách 2017.
