Trong 8 thủ tục hành chính mới ban hành lĩnh vực lâm nghiệp thuộc phạm vi chức năng quản lý của Bộ NN-PTNT, cấp Trung ương có 4 thủ tục, bao gồm: Cấp giấy phép FLEGT đối với gỗ và sản phẩm gỗ hợp pháp để xuất khẩu hoặc tạm nhập, tái xuất vào Liên minh châu Âu Lâm nghiệp Cơ quan thẩm quyền quản lý CITES Việt Nam; Gia hạn giấy phép FLEGT đối với gỗ và sản phẩm gỗ hợp pháp để xuất khẩu hoặc tạm nhập, tái xuất vào Liên minh châu Âu Lâm nghiệp Cơ quan thẩm quyền quản lý CITES Việt Nam.
Hai thủ tục cấp Trung ương tiếp theo là Cấp thay thế giấy phép FLEGT đối với gỗ và sản phẩm gỗ hợp pháp để xuất khẩu hoặc tạm nhập, tái xuất vào Liên minh châu Âu Lâm nghiệp Cơ quan thẩm quyền uản lý CITES Việt Nam; Cấp lại giấy phép FLEGT đối với gỗ và sản phẩm gỗ hợp pháp để xuất khẩu hoặc tạm hập, tái xuất vào Liên minh châu Âu Lâm nghiệp Cơ quan thẩm quyền quản lý CITES Việt Nam.
Đối với thủ tục hành chính cấp tỉnh có 2 thủ tục là: Xác nhận nguồn gốc gỗ trước khi xuất khẩu lâm nghiệp Chi cục Kiểm lâm cấp tỉnh; Phân loại doanh nghiệp chế biến và xuất khẩu gỗ lâm nghiệp Chi cục Kiểm lâm cấp tỉnh hoặc Sở NN-PTNT.
Thủ tục hành chính cấp huyện có 2 thủ tục là: Xác nhận bảng kê gỗ nhập khẩu khi thực hiện thủ tục hải quan Lâm nghiệp Chi cục Hải quan; Xác nhận nguồn gốc gỗ trước khi xuất khẩu Lâm nghiệp Hạt Kiểm lâm cấp huyện.
Theo Bộ NN-PTNT, với thủ tục Cấp giấy phép FLEGT đối với gỗ và sản phẩm gỗ hợp pháp để xuất khẩu hoặc tạm nhập, tái xuất vào thị trường Liên minh Châu Âu, trình tự thực hiện các bước như sau:
Bước 1: Nộp hồ sơ: Chủ gỗ gửi trực tiếp hoặc qua dịch vụ bưu chính công ích hoặc bưu điện hoặc qua môi trường điện tử tới Cơ quan thẩm quyền quản lý CITES Việt Nam (gọi tắt là Cơ quan cấp phép).
Bước 2: Kiểm tra tính hợp lệ của hồ sơ: Cơ quan cấp phép kiểm tra tính hợp lệ của hồ sơ. Trường hợp hồ sơ không hợp lệ, trong thời hạn 2 ngày làm việc kể từ ngày nhận hồ sơ, Cơ quan cấp phép thông báo và hướng dẫn chủ gỗ hoàn thiện hồ sơ bằng văn bản hoặc thư điện tử hoặc qua Cổng thông tin một cửa quốc gia hoặc Hệ thống cấp giấy phép FLEGT hoặc Cổng dịch vụ công quốc gia.
Bước 3: Thẩm định hồ sơ và cấp phép: Trong thời hạn 5 ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ đầy đủ, hợp lệ, Cơ quan cấp phép kiểm tra tính hợp pháp của hồ sơ và cấp giấy phép FLEGT. Trường hợp không cấp giấy phép, Cơ quan cấp phép thông báo bằng văn bản và nêu rõ lý do cho chủ gỗ.
Trường hợp có dấu hiệu nghi ngờ về nguồn gốc gỗ hợp pháp của lô hàng đề nghị cấp giấy phép FLEGT, trong thời hạn 3 ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ, Cơ quan cấp phép thông báo bằng văn bản cho chủ gỗ, cơ quan xác minh và các cơ quan có liên quan khác, trong đó nêu rõ thời gian xác minh.
Cơ quan cấp phép chủ trì, phối hợp với cơ quan xác minh và các cơ quan có liên quan tổ chức xác minh làm rõ tính hợp pháp của lô hàng gỗ. Thời hạn xác minh không quá 10 ngày làm việc kể từ ngày thông báo.
Kết thúc xác minh phải lập biên bản. Trong thời hạn 01 ngày làm việc kể từ ngày kết thúc xác minh, Cơ quan cấp phép FLEGT trong trường hợp lô hàng gỗ xuất khẩu đủ điều kiện cấp giấy phép hoặc thông báo bằng văn bản nêu rõ lý do từ chối cấp giấy phép cho chủ gỗ.
Bước 4: Trả kết quả: Trong thời hạn 1 ngày làm việc, kể từ ngày cấp giấy phép FLEGT, Cơ quan cấp phép trả giấy phép FLEGT cho chủ gỗ, đăng tải thông tin về giấy phép FLEGT đã cấp trên trang thông tin điện tử của Cơ quan cấp phép đồng thời gửi bản chụp giấy phép FLEGT đã cấp cho cơ quan thẩm quyền FLEGT của nước nhập khẩu thuộc Liên minh Châu Âu.
Về cách thức thực hiện có thể trực tiếp hoặc qua dịch vụ bưu chính công ích hoặc bưu điện hoặc qua môi trường điện tử (Cổng thông tin một cửa quốc gia hoặc Hệ thống cấp giấy phép FLEGT hoặc Cổng dịch vụ công quốc gia).