Ở ĐBSCL năm 2021 thực hiện chuyển đổi cây trồng và vật nuôi trên đất lúa kém hiệu quả, trong đó diện tích chuyển sang trồng cây hàng năm nhiều nhất với 48.090ha, chuyển đổi sang trồng cây lâu năm gần 11.500ha và chuyển đổi sang nuôi trồng thủy sản (tôm - lúa, cá - lúa) trên 11.300ha. Chuyển đổi cây trồng, vật nuôi đã giúp nông dân sử dụng nước tiết kiệm và mang lại lợi nhuận cao, hệ số sử dụng đất tăng lên từ 1,5 - 2,2 lần.
Bên cạnh mặt tích cực, hiệu quả sản xuất cao hơn trồng lúa nhưng cũng bộc lộ một số tồn tại, hạn chế.
Theo nhận định của Cục Trồng trọt, vùng ĐBSCL chuyển đổi còn mang tính tự phát, chưa phù hợp với kế hoạch chung, chưa có nhà máy chế biến và chưa có nhiều doanh nghiệp (DN) bao tiêu sản phẩm. Một số cây trồng khi chuyển đổi có lợi thế cạnh tranh kém, đầu ra tiêu thu sản phẩm chưa ổn định do quy mô sản xuất nhỏ lẻ, gây khó khăn cho việc áp dụng các tiến bộ kỹ thuật vào canh tác, kiểm soát chất lượng. Chuyển đổi cây trồng, vật nuôi còn thiếu liên kết với DN bao tiêu sản phẩm, chưa đảm bảo khâu tiêu thụ mang tính bền vững.
Về chính sách khuyến khích chuyển đổi cây trồng trên đất lúa chưa được thực hiện mạnh mẽ. Một số địa phương ở ĐBSCL chưa tính toán chi tiết và phân tích đầy đủ giá trị sản xuất trồng trọt nên việc khuyến cáo, tổ chức chuyển đổi chưa đạt hiệu quả cao. Kết cấu hạ tầng tại một số vùng chuyển đổi chưa hoàn thiện hệ thống thủy lợi... Về phía nông dân chưa nhuần nhuyễn với kỹ thuật canh tác cây ăn quả, một số diện tích nông dân trồng với nguồn cây giống cây chưa đạt yêu cầu chất lượng nên dẫn đến chất lượng nông phẩm không cao.