Tuy nhiên, mối liên kết này chưa thật sự bền chặt và mang tính lâu dài. Hiện khó khăn chung của các HTX nông nghiệp là năng lực quản trị, điều hành, tổ chức sản xuất để tạo ra nông sản đạt tiêu chuẩn chất lượng cao, tìm kiếm thị trường của đội ngũ lãnh đạo các HTX còn nhiều hạn chế; nguồn lực tài chính của HTX còn khó khăn nên yếu thế trong mối liên kết.
Trong khi đó, doanh nghiệp thu mua, chế biến nông sản để cung ứng cho thị trường trong nước hoặc xuất khẩu nếu không liên kết chặt chẽ với các HTX nông nghiệp tổ chức sản xuất theo hình thức vùng nguyên liệu thì sản lượng, chất lượng nông sản sẽ khó ổn định.
Trong điều kiện các Hiệp định tự do thương mại thế hệ mới như CPTPP và EVFTA mà Việt Nam đã ký kết có hiệu lực; đối tác của nông dân, HTX, doanh nghiệp Việt Nam là những tập đoàn, công ty, trang trại lớn với tiềm lực kinh tế mạnh và năng lực quản trị cao. Do đó, sự liên kết giữa các HTX nông nghiệp với các doanh nghiệp để khắc phục các hạn chế nêu trên là xu thế tất yếu và cấp bách hiện nay.
Bên cạnh đó, thị trường châu Âu và các nước trong hiệp định CPTPP tuy đã hạ hoặc dỡ bỏ hàng rào thuế quan nhưng hàng rào kỹ thuật của họ rất cao, đòi hỏi tiêu chuẩn rất khắt khe về vệ sinh an toàn thực phẩm, truy xuất nguồn gốc, bao bì, mẫu mã… Sản xuất nhỏ lẻ, phân tán sẽ không thể đáp ứng được yêu cầu về tiêu chuẩn của nước nhập khẩu. Chỉ có liên kết chặt chẽ và lâu dài giữa HTX và doanh nghiệp thật tốt mới tổ chức sản xuất hàng nông sản đạt các tiêu chuẩn (Global GAP, SRP) của người mua đặt ra.
Do vậy, việc liên kết giữa HTX và doanh nghiệp cần được nâng lên ở mức độ cao hơn. Theo đó, doanh nghiệp góp vốn, cử người tham gia điều hành HTX nông nghiệp để bổ khuyết những khiếm khuyết của HTX là cần thiết; đồng thời giúp phương thức liên kết giữa doanh nghiệp và HTX thêm chặt chẽ, phát huy thế mạnh của cả hai bên.
Thứ trưởng Bộ Nông nghiệp và PTNT Lê Quốc Doanh trong dịp tham dự sự kiện ký kết hợp đồng cung ứng vú sữa xuất khẩu của HTX nông nghiệp Trinh Phú (huyện Kế Sách) đã khuyến khích Công ty Vina T&T và các doanh nghiệp tham gia góp vốn vào các HTX đối tác, giới thiệu nhân sự tham gia ban giám đốc HTX, xây dựng vùng nguyên liệu để mối liên kết bền chặt hơn.
Hiện nay, trên địa bàn tỉnh Sóc Trăng đã có 2 HTX nông nghiệp ở thị xã Ngã Năm tham gia chương trình xây dựng chuỗi liên kết với doanh nghiệp để thực hiện chuỗi giá trị lúa gạo với các nội dung: Tham gia góp vốn để trở thành thành viên HTX, hỗ trợ HTX tiếp cận vốn tín dụng; cử nhân sự có năng lực tham gia Ban giám đốc HTX; chuyển giao quy trình sản xuất tạo ra sản phẩm chất lượng, tiêu chuẩn cao; cung cấp máy móc, thiết bị nông nghiệp để HTX mở rộng dịch vụ; hỗ trợ HTX tiêu thụ nông sản. Mối liên kết này giúp cho chuỗi giá trị lúa gạo của HTX hiệu quả và bền vững hơn, trong khi doanh nghiệp có vùng nguyên liệu ổn định về số lượng, chất lượng, truy xuất được nguồn gốc.
Trong thời gian tới chương trình xây dựng chuỗi liên kết tiếp giữa các HTX nông nghiệp và doanh nghiệp theo hình thức trên tiếp tục được mở rộng tại các địa phương khác trong tỉnh.