Sau khi kết thúc vụ nuôi tôm sú năm 2007, những ngày đầu năm 2008, nông dân các tỉnh vùng ĐBSCL đang khẩn trương và chuẩn bị cho vụ nuôi mới. Ở đâu cũng bắt gặp những hình ảnh sên vét, cải tạo ao đìa và những ao nuôi được tẩy trắng xóa màu vôi trên nền đáy ao, nhiều ao nuôi đã được cán và san ủi đáy ao bằng phẳng phơi mình trong nắng. Theo báo cáo của ngành thủy sản các tỉnh ĐBSCL, năm 2007 có từ 50 - 65% diện tích nuôi tôm có lãi, nhưng lợi nhuận thu được của nông dân không được cao. Nỗi lo lớn nhất của người nuôi tôm sú hiện nay là chất lượng tôm giống.
Anh Trần Văn Nhanh ở ấp Hồ Thùng, xã Đông Hải, huyện Duyên Hải (Trà Vinh) cho biết: "Vài năm gần đây diện tích nuôi tôm sú hơn 9.500 m2 của gia đình với mô hình nuôi quảng canh cải tiến, thả nuôi từ 38.000 - 45.000 con tôm giống mỗi đợt, nhưng chỉ thu hoạch được 110 kg, bán được 8,8 triệu đồng, tương đương 4.400 con tôm thịt (chiếm khoảng 11,5% số lượng tôm giống thả nuôi). Có vụ thời tiết bất thường, tôm sú nuôi được từ 30 - 45 ngày tuổi bị chết đồng loạt, coi như mất trắng không thu hoạch được con nào. Như vụ nuôi tôm sú năm 2007 thả liên tục hai đợt hơn 150.000 con tôm sú giống, tuân thủ đúng lịch thời vụ của ngành thủy sản khuyến cáo, các yếu tố môi trường nước (độ mặn, pH, độ kiềm…) khá ổn định, nhưng cả hai đợt nuôi không qua được 60 ngày tuổi, gia đình bị mất trắng hơn 17,5 triệu đồng về chi phí con giống, thức ăn và chi phí cải tạo ao đìa”. Còn ông Dương Văn Dũng, ở ấp Bàu Sâu, xã Đôn Xuân, huyện Trà Cú thả nuôi lần đầu 200.000 con giống trên diện tích 2 ha, nuôi theo hình thức công nghiệp, sau thời gian 45 ngày tuổi tôm bị bệnh đốm trắng, đầu vàng chết sạch không thu được con nào, mất trắng khoảng 20 triệu đồng. Để gỡ gạc ông tiếp tục sên vét cải tạo ao thả nuôi trở lại lần 2 với mật độ thưa hơn, số lượng 150.000 con, nhưng chưa qua 60 ngày nuôi phát hiện tôm nuôi có dấu hiệu của bệnh đốm trắng, đầu vàng và nuôi không lớn, tôm bắt đầu chết dần, gia đình ông quyết định thu hoạch hết bán được hơn 9,2 triệu đồng, tính ra lỗ hơn 10 triệu đồng trong đợt thả nuôi này. Anh Châu Văn Rễ, ở ấp Bà Nhì, xã Đôn Châu, huyện Trà Cú - thả nuôi 3 đợt, số lượng 1 triệu con tôm giống nuôi quảng canh trên diện tích 10 ha cũng bị mất trắng vì giống nhiễm bệnh, thua lỗ hơn 65 triệu đồng. Ông Trần Văn Nhã ở ấp Cây Cồng, xã Đôn Xuân, huyện Trà Cú thả nuôi 300.000 con tôm giống trên diện tích 2 ha theo hình thức nuôi công nghiệp, sau thời gian 2,5 tháng tuổi, tôm bị bệnh đốm trắng, đầu vàng làm chết trên 80%, thua lỗ hơn 50 triệu đồng. Theo các hộ nuôi thì hầu hết tôm giống thả nuôi trong thời gian từ 30 - 55 ngày là chúng có dấu hiệu của bệnh đốm trắng, đỏ thân, đầu vàng rồi chết.
Mỗi năm khu vực ĐBSCL có nhu cầu thả nuôi từ 25 - 30 tỷ con tôm sú giống, với diện tích hơn 600.000 ha, nhưng nguồn tôm sú giống sản xuất tại chỗ chỉ chiếm khoảng 30 - 40%, số tôm giống còn lại phải di nhập từ các tỉnh miền Trung. Số tôm sú giống được nhập vào các tỉnh này được kiểm dịch bằng hệ thống PCR rất ít, số lượng còn lại hầu hết chưa qua kiểm dịch nên không đảm bảo chất lượng và không đủ kích cỡ được vận chuyển bằng đường thủy hoặc thuê xe dịch vụ len lỏi khắp nơi bán cho người nuôi.
Sở Thủy sản Trà Vinh cho biết, năm 2007 toàn tỉnh có hơn 25.000 ha nuôi tôm sú chính vụ, trong đó có hơn 11.000 ha nuôi theo hình thức công nghiệp, bán công nghiệp và 14.000 ha nuôi theo hình thức quảng canh cải tiến, với gần 2,6 tỷ con tôm sú giống được thả nuôi thì chỉ có 40% số lượng tôm sú giống được kiểm dịch (tương đương khoảng hơn 1 tỷ con), còn lại 1,6 tỷ con phải nhập từ nhiều nguồn không đảm bảo chất lượng, có cả tôm sú giống bị nhiễm bệnh. Còn tỉnh Cà Mau- địa phương có diện tích nuôi tôm sú nhiều nhất khu vực ĐBSCL với hơn 248.000 ha, mỗi năm thả nuôi khoảng 11 tỷ con, nhưng thu hoạch chỉ hơn 90.000 tấn tôm thương phẩm tương đương 4 tỷ con, còn lại 7 tỷ con bị hao hụt trong thời gian nuôi do bị nhiễm bệnh và chết. Tương tự tỉnh Sóc Trăng thả nuôi hơn 5 tỷ con, cũng chỉ kiểm dịch được khoảng 35% số tôm giống được thả nuôi, tương đương 1,8 tỷ con, số còn lại 3,2 tỷ con nhập ngoài tỉnh không chắc đảm bảo chất lượng. Tỉnh Bạc Liêu thả nuôi trên 9 tỷ con tôm giống nhưng cũng chỉ có 40% lượng tôm giống được qua kiểm dịch. Những năm gần đây, diện tích nuôi tôm sú, số lượng tôm giống ở ĐBSCL được thả nuôi tăng nhanh ào ạt, nhưng sản lượng tôm nguyên liệu tăng lên không đáng kể, không đáp ứng đủ nguồn nguyên liệu phục vụ cho hơn 22 nhà máy chế biến xuất khẩu trong khu vực.
Theo nhận định của cán bộ Chi cục Bảo vệ Nguồn lợi Thủy sản các tỉnh ĐBSCL, những năm gần đây tỷ lệ tôm sú giống bị nhiễm bệnh chiếm từ 50 - 60%, thế nhưng số tôm bị tiêu hủy không đáng kể. Chỉ có Trà Vinh trong năm 2007– đã kiểm dịch phát hiện và tiêu huỷ hơn 47 triệu con tôm sú giống bị nhiễm bệnh. Cũng vì nuôi tôm ồ ạt khắp nơi, nguồn cung giống không đủ nên người sản xuất phải sử dụng tôm mẹ cho tham gia sinh sản nhiều lần liên tục, cho ra những mẻ tôm giống èo uột, kém chất lượng làm cho tỷ lệ sống tôm nuôi đạt thấp, hiệu quả sản xuất không cao. Chỉ riêng việc nuôi tôm sú nhiều vụ trong năm càng làm cho nền đáy ao nuôi bị suy thoái, môi trường nước bị ô nhiễm. Đến lúc này có thể khẳng định phát triển nuôi tôm ở nhiều vùng ven biển ĐBSCL không bền vững, bế tắc vì nguồn giống không đảm bảo sạch bệnh và môi trường không đảm bảo.