Khu bảo vệ Hệ sinh thái biển Rạn Trào nằm ở vùng biển xã Vạn Hưng, huyện Vạn Ninh (Khánh Hòa) có diện tích 89ha. Trong đó, vùng lõi có diện tích 54ha, là rạn san hô chính của Khu bảo vệ Hệ sinh thái biển Rạn Trào.
Rạn Trào được đánh giá có hệ động thực vật phong phú, đa dạng và độ phủ san hô khá cao với chất lượng tốt so với các rạn khác trong toàn bộ vịnh Vân Phong. Hiện số loài thuỷ sinh phát hiện ở khu vực Rạn Trào chiếm hơn 50% tổng số loài ở vịnh Vân Phong. Cụ thể san hô chiếm 64%, cá rạn chiếm 69%, cỏ biển chiếm 75%.
Năm 2008, Khu bảo vệ Hệ sinh thái biển Rạn Trào đã được thành lập, với mục đích khoanh vùng bảo vệ nguồn lợi các giống loài thủy sản, bảo vệ môi trường biển, nghiên cứu khoa học, tham quan học tập, phát triển sinh kế, tiếp nhận các dự án tài trợ trong và ngoài nước.
Từ khi thành lập đến nay, Khu bảo vệ Hệ sinh thái biển Rạn Trào đã được sự hỗ trợ của nhiều tổ chức phi chính phủ như: Liên minh Sinh vật biển Quốc tế tại Việt Nam (IMA), Quỹ hỗ trợ phát triển Đan Mạch (Dinada), Quỹ quốc tế về Bảo vệ thiên nhiên (WWF), Trung tâm Bảo tồn sinh vật biển và Phát triển cộng đồng (MCD), Quỹ phát triển cộng đồng (CDF), Dự án nguồn lợi ven biển vì sự phát triển bền vững (CRSD)… Sau nhiều năm khoanh vùng bảo vệ, công tác bảo vệ và phát triển hệ sinh thái biển Rạn Trào đã đạt được nhiều kết quả tích cực.
Theo bà Thân Thị Hiền, Phó Giám đốc Trung tâm Bảo tồn sinh vật biển và Phát triển cộng đồng, nhiều loại thủy sản, cá rạn, san hô trước đây cạn kiệt nay đang được phục hồi mạnh mẽ ở Rạn Trào.
Theo khảo sát của Chi cục Thủy sản Khánh Hòa và các đơn vị liên quan vào năm 2020 cho thấy, san hô, cỏ biển ở đây phát triển rất tốt, mật độ dày, bao gồm san hô cứng và mềm. Cùng với đó, rất nhiều loại cá rạn, tôm, cua, ốc, hải sâm, bào ngư, cầu gai… đã quần tụ trong khu vực rạn san hô của khu bảo vệ.
Điều vui mừng hơn nữa là ý thức gìn giữ môi trường biển và nguồn lợi thủy sản của người dân địa phương được nâng cao. Thấy rõ nhất là tình trạng khai thác hải sản bằng các biện pháp hủy diệt tại khu vực Rạn Trào đã cơ bản được xóa bỏ nhờ hoạt động tích cực của cộng đồng quản lý Khu bảo vệ Hệ sinh thái biển Rạn Trào và sự hỗ trợ của các cơ quan chức năng địa phương…
Ông Nguyễn Trọng Chánh, Chi cục trưởng Chi cục Thủy sản Khánh Hòa cho biết: Thời gian quan, để quản lý, bảo vệ hệ sinh thái biển tại Rạn Trào, Chi cục đã phối hợp với Trung tâm Bảo tồn sinh vật biển và Phát triển cộng đồng xây dựng mô hình đồng quản lý. Cùng với đó, xây dựng các tổ hạt nhân nhằm tăng cường công tác truyền thông, tuần tra, giám sát, bảo vệ để phát triển; xây đựng các mô hình sinh kế gắn với du lịch cộng đồng, hỗ trợ người dân chuyển đổi sang các nghề khai thác, nuôi trồng thân thiện hơn với môi trường…
Tuy nhiên, việc bảo vệ hệ sinh thái biển Rạn Trào gặp nhiều khó khăn khi toàn bộ khu bảo vệ chưa được cắm mốc phân vùng, cảnh báo tàu thuyền vào khai thác trái phép, nhất là vùng lõi có diện tích 54ha với hệ đa dạng sinh học cao và mật độ, độ phủ san hô lớn. Trong khi đó, tổ quản lý ở Rạn Trào lực lượng còn mỏng, hiện chỉ có 4 người làm việc trên tinh thần tự nguyện vì lợi ích chung của cộng đồng và bảo tồn hệ sinh thái biển, lại không có phao cảnh giới nên khó khăn trong công tác kiểm soát, bảo vệ. Mặt khác, chòi canh bảo vệ trên biển còn thô sơ, phương tiện tuần tra sử dụng xuồng gỗ gắn máy không đảm bảo an toàn…
Nhằm bảo tồn, phát huy những giá trị tự nhiên, văn hoá, tái tạo nguồn lợi, đảm bảo sinh kế bền vững cho ngư dân địa phương, ngành thủy sản Khánh Hòa đang tham mưu Sở NN-PTNT báo cáo, đề xuất UBND tỉnh chủ trương đầu tư dự án xây dựng Khu bảo vệ Hệ sinh thái biển Rạn Trào với các hạng mục đầu tư chính như: Lắp đặt hệ thống phao tiêu báo hiệu và phân vùng bảo vệ tại vùng lõi với số lượng 82 phao bằng vật liệu composite; đóng mới 1 cano tuần tra; gia cố và sửa chữa chòi canh trên biển...