Phân hiệu ĐH Y Hà Nội tại Thanh Hóa được thành lập với mục đích đào tạo cán bộ y tế có trình độ đại học, sau đại học, cao đẳng và trung cấp cho tỉnh Thanh Hóa và các tỉnh lân cận; tham gia vào công tác nghiên cứu khoa học, khám, chữa bệnh và phục vụ cộng đồng.
Việc thành lập Phân hiệu sẽ đáp ứng sự thiếu hụt nguồn nhân lực y tế có chất lượng cho khu vực Bắc Trung bộ, tạo động lực cho việc phát triển mạng lưới y tế; giảm tải cho các bệnh viện tuyến trên khi năng lực và chất lượng hệ thống khám, chữa bệnh của khu vực được tăng cường.
Trước mắt, Trường ĐH Y Hà Nội sẽ là đơn vị quản lý, điều hành, tổ chức tuyển sinh, đào tạo nên điểm chuẩn đầu vào và đầu ra tại Phân hiệu sẽ tương đương với cơ sở chính của trường tại Hà Nội.
