Tiền thân là Trại Nhân giống ngựa Bá Vân (tại xã Bình Sơn, thành phố Sông Công, tỉnh Thái Nguyên), giai đoạn đầu mới thành lập, Trung tâm Nghiên cứu và phát triển chăn nuôi miền núi có đối tượng nghiên cứu chủ yếu là ngựa nhằm phục vụ các tỉnh vùng Việt Bắc và các tỉnh miền núi trung du phía Bắc. Trong giai đoạn này, trung tâm đã chuyển giao hàng chục nghìn ngựa lai phục vụ cho sản xuất dân sinh của đồng bào các dân tộc miền núi trung du miền núi phía Bắc.
Từ thành công với giống ngựa, trung tâm tiếp tục được tín nhiệm giao nhiệm vụ nghiên cứu về giống trâu. Trung tâm cũng đã thành công trong việc giữ quỹ gen giống trâu Murrah, tạo trâu lai F1. F2 có năng suất, chất lượng thịt cao hơn trâu nội từ 20-25%.
Từ 2003, trung tâm thực hiện Dự án giống trâu quốc gia, chuyên sản xuất những trâu giống đầu dòng phục vụ cải tạo các vùng trâu trọng điểm của cả nước. Là đơn vị nuôi giữ giống gốc trâu, cũng là chuyển giao công nghệ về phát triển chăn nuôi trâu trong chương trình nông thôn miền núi.
Đến nay, trung tâm đã cung cấp các sản phẩm phục vụ chăn nuôi với khoảng 10.000 ngựa bạch, ngựa lai. Hàng chục ngàn ngựa thồ, kéo cho dân sinh và phục vụ tuần tra tại biên giới. Năm 2020, Trung tâm đã được Bộ NN-PTNT giao nhiệm vụ chuyển giao kỹ thuật giúp Đoàn kỵ binh nhập, nuôi thích nghi, chăm sóc ngựa phục vụ công tác của ngành công an. Từ những đề tài nghiên cứu cũng như từ thực tiến hoạt động, các mô hình trình diễn chăn nuôi trong sản xuất được xây dựng; hỗ trợ đào tạo hơn 10.000 học sinh, sinh viên, 20.000 nông dân; 5.000 cán bộ cở sở.
Xứng tầm với chiều dài lịch sử, là một đơn vị nghiên cứu, tại lễ kỷ niệm, CBCNV trung tâm khẳng định tiếp tục phát huy các giá trị lao động để kết nối giữa trại thực nghiệm với đời sống sản xuất của nhân dân cũng như sự nghiệp bảo vệ Tổ quốc.