Thực hiện công cuộc đổi mới đất nước do Đảng ta khởi xướng và lãnh đạo từ Đại hội Đại biểu toàn quốc lần thứ VI, đặc biệt từ khi Bộ Chính trị khóa VI ban hành Nghị quyết đổi mới quản lý kinh tế nông nghiệp (Nghị quyết 10), hộ nông dân được giao tư liệu và tự chủ sản xuất. Nhiều địa phương đã có sáng kiến, cách làm mới nhằm tăng gia sản xuất, phát triển nông nghiệp, cải thiện đời sống nhân dân.
Tại tỉnh Bắc Thái (nay là tỉnh Bắc Kạn và Thái Nguyên), được sự hỗ trợ của Tổ chức CIDSE, năm 1991 tỉnh đã thành lập Trung tâm Khuyến nông tỉnh Bắc Thái nhằm phục vụ các chương trình phát triển nông nghiệp của tỉnh. Đây là tổ chức khuyến nông đầu tiên chính thức được thành lập ở nước ta.
Nhiều địa phương khác như An Giang, Kiên Giang, Hà Tây, Thái Bình, Hải Hưng, Sơn La, Lạng Sơn… đã đến Bắc Thái tham quan, học tập mô hình khuyến nông để về triển khai tại địa phương mình.
Năm 1992, trên cơ sở kết quả đánh giá hiệu quả mô hình tổ chức khuyến nông, phương pháp hoạt động khuyến nông tại tỉnh Bắc Thái, Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp Nguyễn Công Tạn đã chỉ đạo thành lập Ban Điều phối khuyến nông của Bộ và trình Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ Võ Văn Kiệt ban hành Nghị định số 13-CP ngày 2/3/1993 quy định về công tác khuyến nông. Từ đây, hệ thống Khuyến nông Việt Nam chính thức được thành lập trên phạm vi toàn quốc.
Thực hiện Nghị định số 13-CP ngày 2/3/1993 của Chính phủ, hệ thống khuyến nông, khuyến lâm, khuyến ngư đã được tổ chức đồng bộ, thống nhất trên phạm vi toàn quốc. Hệ thống khuyến nông đã tập trung hỗ trợ phát triển kinh tế nông hộ và xóa đói giảm nghèo; hướng dẫn nông dân ứng dụng các giống cây trồng, vật nuôi có ưu thế lai tốt, thời gian sinh trưởng ngắn để chuyển đổi cơ cấu sản xuất, tăng vụ, tăng năng suất, sản lượng.
Việc áp dụng tiến bộ kỹ thuật, công nghệ kết hợp với chuyển đổi giống cây trồng, vật nuôi, cơ cấu mùa vụ đã góp phần thúc đẩy sản xuất phát triển mạnh mẽ, tăng thu nhập, cải thiện đời sống nông dân. Từ các mô hình đã thúc đẩy phong trào xây dựng cánh đồng thu nhập 50 triệu đồng/ha, thậm chí hàng trăm triệu đồng/ha/năm phát triển rộng khắp cả nước...
Để công tác khuyến nông tiếp tục phát triển, bám sát thực tiễn sản xuất, đồng hành với người nông dân, Chính phủ đã ban hành Nghị định số 56/2005/NĐ-CP ngày 26/4/2005 và Nghị định số 02/2010/NĐ-CP ngày 08/01/2010 nhằm phát triển hệ thống khuyến nông từ trung ương tới cơ sở.
Ở Trung ương, năm 2003, Bộ NN-PTNT thành lập Trung tâm Khuyến nông Quốc gia (KNQG) và Bộ Thủy sản thành lập Trung tâm Khuyến ngư Quốc gia là những đơn vị sự nghiệp công lập phục vụ quản lý nhà nước về khuyến nông, khuyến ngư.
Đến năm 2008, khi Quốc hội, Chính phủ quyết định hợp nhất Bộ NN-PTNT và Bộ Thủy sản thì Trung tâm Khuyến nông Quốc gia và Trung tâm Khuyến ngư Quốc gia cũng được hợp nhất thành Trung tâm Khuyến nông - Khuyến ngư Quốc gia (đến năm 2010 đổi tên thành Trung tâm KNQG). Đây là đơn vị sự nghiệp công lập phục vụ công tác quản lý nhà nước về khuyến nông của Bộ và đầu mối triển khai thực hiện các chương trình, dự án, nhiệm vụ khuyến nông trung ương trên phạm vi cả nước. Ở các địa phương, hệ thống khuyến nông được hoàn thiện từ cấp tỉnh tới cấp xã, thôn, bản. Đến năm 2015, tổng số cán bộ khuyến nông các cấp trên toàn quốc hơn 36.800 người và khoảng 3.000 câu lạc bộ khuyến nông với số lượng hàng trăm ngàn nông dân ở các vùng, miền trong cả nước.
Thực hiện Nghị quyết số 19-NQ/TW ngày 25/10/2017 của Ban Chấp hành Trung ương Khóa XII về tiếp tục đổi mới hệ thống tổ chức, quản lý, nâng cao chất lượng và hiệu quả hoạt động của các đơn vị sự nghiệp công lập, từ năm 2018 đến nay, các địa phương đã tiến hành rà soát, sắp xếp lại hệ thống tổ chức ngành NN-PTNT các cấp, trong đó có hệ thống khuyến nông.
Công tác khuyến nông giai đoạn này tập trung triển khai gắn với các chương trình trọng tâm, trọng điểm của ngành theo hướng chuyển đổi từ sản xuất nông nghiệp sang kinh tế nông nghiệp với các nhiệm vụ như: Chuyển giao tiến bộ kỹ thuật, công nghệ vào sản xuất phục vụ đề án tái cơ cấu ngành nông nghiệp. Phát triển sản xuất, tăng thu nhập cho nông dân để thực hiện Chương trình Mục tiêu Quốc gia xây dựng Nông thôn mới. Phát triển các sản phẩm quốc gia, chủ lực của ngành và phát triển các sản phẩm đặc sản, thế mạnh của từng địa phương theo chương trình mỗi xã một sản phẩm (OCOP). Đào tạo, bồi dưỡng nâng cao năng lực, trình độ sản xuất cho nông dân, góp phần xây dựng lực lượng nông dân chuyên nghiệp…
Hiện nay, Đảng, Nhà nước, Chính phủ đã ban hành nhiều chủ trương, chính sách quan trọng về nông nghiệp, nông dân, nông thôn. Trong đó, có những chủ trương, định hướng về củng cố, phát triển hệ thống tổ chức khuyến nông Việt Nam theo hướng đổi mới mạnh mẽ hình thức tổ chức và hoạt động khuyến nông, đảm bảo bộ máy tinh gọn, hiệu quả, phù hợp với từng loại hình sản xuất và địa phương. Tăng cường phối hợp giữa khuyến nông nhà nước với khuyến nông của doanh nghiệp; phát triển khuyến nông điện tử, khuyến nông cộng đồng…
Trong bối cảnh ngành nông nghiệp đang đặt ra mục tiêu xây dựng “nông nghiệp sinh thái, nông thôn hiện đại, nông dân văn minh”, khuyến nông được coi là quốc sách hàng đầu để nâng cao “nông trí” và chuyên nghiệp hóa nông dân. Vai trò của hệ thống khuyến nông không chỉ đơn thuần là kết nối, chuyển giao khoa học kỹ thuật, mà còn có vai trò rất lớn trong việc góp phần ổn định tình hình chính trị, an sinh xã hội, nhất là khu vực vùng sâu, vùng xa. Hệ thống Khuyến nông Việt Nam sẽ tiếp tục được củng cố và phát triển để thực hiện sứ mệnh của mình “ở đâu có nông dân, ở đó có khuyến nông”.