Hiện nay, vùng ĐBSCL được phân chia thành 3 vùng sinh thái. Trong đó, vùng nước ngọt là vùng lõi của đồng bằng, đảm bảo an toàn có nước ngọt trong mọi tình huống. Thứ hai là vùng chuyển tiếp giữa vùng mặn và ngọt, mùa mưa có nước ngọt và mùa khô là nước lợ. Cuối cùng là vùng giáp biển hay còn gọi là vùng mặn, việc canh tác phải đảm bảo tuân theo quy luật thích ứng nguồn nước mặn.
Dưới góc nhìn của chuyên gia, ông Nguyễn Hữu Thiện, chuyên gia độc lập về ĐBSCL gọi canh tác lúa trong mùa lũ là trái với quy luật tự nhiên. Bởi vụ lúa thu đông, tùy từng vùng sinh thái sẽ có cách gọi khác nhau, nhưng mang khái niệm là vụ canh tác lúa trong mùa lũ, vụ lúa này chiếm không gian hấp thu lũ.
Ông Thiện chỉ ra, khi nông dân canh tác tăng vụ, từ 1 vụ, 2 vụ và bây giờ là 3 vụ, canh tác luôn trong mùa lũ, bắt buộc phải quay đê bao khép kín không cho lũ vào trong, dẫn đến mất không gian hấp thu lũ. Theo tính toán của chuyên gia này, với mức lũ năm 2000 và diện tích lúa vùng tứ giác Long Xuyên có khả năng hấp thu 9,2 tỷ mét khối nước lũ. Còn tại vùng Đồng Tháp Mười có khả năng hấp thu 10 tỷ mét khối nước lũ. Trong khi đó, cả 2 vùng này lại có 260 nghìn ha đê bao, dẫn đến không gian hấp thu lũ giảm chỉ còn phân nửa. Lượng nước lũ không tràn đồng được, gây nên tình trạng ngập úng cho vùng cây trái ở vùng giữa đồng bằng và kích hoạt “cuộc đua” đê bao khép kín ở khu vực này. Đồng bằng vì vậy mất đi không gian hấp thu lũ, đẩy lũ ra biển trong mùa lũ. Mùa khô, khi nước sông Mekong hạ thấp vùng ĐBSCL đã không còn nước.
Theo một nghiên cứu của Trường Đại học An Giang, ở vùng đầu nguồn, một mùa lũ lớn, trên diện tích 1 ha sẽ mang vào 61 tấn phù sa và nhiều nguồn lợi thủy sản khác như: trứng cá, cá con, cá theo nước lũ vào đồng.
Vì thế, ông Thiện cho rằng, nếu chỉ so sánh thuận lợi, khó khăn giữa vụ hè thu và thu đông (vụ lúa trong mùa lũ) mà quyết định biến vụ thu đông trong mùa lũ thành vụ chính là cách nhìn rất hẹp. “Chúng ta cần thay đổi tư duy rộng lớn hơn, tích hợp, nhìn đa ngành. Đặc biệt, cần phải nhìn sâu xa hơn về sức khỏe của toàn bộ hệ thống đồng bằng, chứ không phải nhìn thu nhập cây lúa theo mùa”, chuyên gia Nguyễn Hữu Thiện nhìn nhận.
Tại TP Cần Thơ, hiện nay người dân đã có ý thức và mong muốn chuyển từ 3 vụ lúa/năm xuống còn 2 vụ thậm chí 1 vụ, đó là thực tiễn xu hướng hiện nay. Ông Trần Thái Nghiêm, Phó Giám đốc Sở NN-PTNT TP Cần Thơ dẫn chứng, nhiều lần tiếp xúc, gặp gỡ với nông dân, bà con đánh giá làm 3 vụ, 2 vụ hay 1 vụ năng suất đều tương đương nhau, thế nhưng canh tác ít vụ hơn sẽ có thời gian cho đất nghỉ ngơi, chắc chắn năng suất và chất lượng sẽ cao hơn. Chưa kể bà con sẽ có thêm thời gian nhàn rỗi để canh tác các loại cây trồng, nuôi trồng thủy sản trên đồng ruộng như nuôi cá, vịt, trồng rẫy, rau màu.
Mỗi địa phương ở ĐBSCL sẽ có điều kiện thủy văn khác nhau, việc cơ cấu mùa vụ phụ thuộc nhiều vào tình hình thời tiết và thủy văn từng năm để có sự sắp xếp. Quan trọng hơn, để thực hiện hiệu quả, đòi hỏi ngành nông nghiệp cần có giải pháp thực hiện đồng bộ. Vấn đề theo dõi thời tiết vào thời điểm này phải rất thận trọng, bởi nông dân canh tác liên tục 3 vụ sẽ không có cơ hội để điều chỉnh mùa vụ theo điều kiện thủy văn.