Được thành lập theo QĐ của GĐ Viện Khoa học nông nghiệp VN trên cơ sở Bộ môn Hệ thống nông nghiệp thuộc Viện KHKT Nông nghiệp VN (ra đời năm 1989) và Bộ môn Hệ thống nông nghiệp thuộc Viện CLT-CTP (thành lập năm 2003), đến nay trung tâm đã có bước phát triển mạnh trong nghiên cứu khoa học, chuyển giao tiến bộ kỹ thuật vào SX.
Phát biểu tại buổi lễ, lãnh đạo Viện Khoa học Nông nghiệp VN, Viện CLT&CTP cùng cán bộ qua các thời kỳ của trung tâm, các tổ chức quốc tế và nhiều DN bày tỏ vui mừng trước những thành tựu đạt được của trung tâm trong suốt 25 năm qua. Đồng thời mong muốn trung tâm tiếp tục phấn đấu có nhiều sáng kiến, tạo đột phá, góp phần đắc lực vào sự nghiệp phát triển NN-NT.
