Tỉnh cũng tạm dừng triển khai 3 dự án thủy điện, đồng thời tiếp tục rà soát 4 dự án thủy điện nhỏ khác.
Hiện Phú Yên có 2 dự án thủy điện nhỏ đang thi công là thủy điện La Hiêng 2 và thủy điện Đá Đen. Mặc dù được khởi công từ tháng 9/2009, kế hoạch hoàn thành vào cuối năm 2013, nhưng đến nay (đã qua hai lần gia hạn), thủy điện La Hiêng 2 do Cty CP VRG Phú Yên làm chủ đầu tư có công suất 18MW mới chỉ hoàn thành 95% khối lượng, dự kiến phát điện cuối năm 2014.
Là công trình thủy điện đầu tiên ở Phú Yên, dự án thủy điện Đá Đen có công suất 8MW, do Tổng công ty Xây dựng công trình giao thông 5 làm chủ đầu tư, được khởi công từ tháng 8/2005, dự kiến hoàn thành vào cuối năm 2015, nhưng hiện tiến độ thi công khá chậm.
Ngoài ra, Phú Yên còn có 3 dự án thủy điện do Bộ Công thương phê duyệt, gồm thủy điện sông Hinh (70MW), sông Ba Hạ (220MW) và Krông Hnăng (64MW). Các dự án thủy điện này đã hòa vào lưới điện quốc gia. Hiện tỉnh có 10 vị trí phát triển thủy điện nhỏ với tổng công suất 71,2MW.
Theo thống kê của Sở NN-PTNT Phú Yên, tổng diện tích các thủy điện phải trồng rừng thay thế là 293,83ha (trong đó 39,1ha đất rừng phòng hộ và 254,73ha đất rừng sản xuất). Tuy nhiên, đến nay các thủy điện mới chỉ trồng 12,9ha rừng, còn lại 280,93ha chưa thực hiện.
