Quy chế này quy định về nguyên tắc, nội dung, phương thức và trách nhiệm phối hợp giữa các Bộ: Tài nguyên và Môi trường, Quốc phòng, Ngoại giao, Công an, Khoa học và Công nghệ (các Bộ) trong việc cấp phép, xem xét đề nghị thay đổi nội dung đã được cấp phép nhưng không thuộc trường hợp sửa đổi, bổ sung, gia hạn quyết định cấp phép; kiểm tra, kiểm soát và xử lý vi phạm đối với tổ chức, cá nhân nước ngoài tiến hành nghiên cứu khoa học trong vùng biển Việt Nam.
Trong đó, nguyên tắc phối hợp phải bảo đảm hiệu quả, cụ thể trách nhiệm phối hợp của từng Bộ trong việc cấp, cấp lại, sửa đổi, bổ sung, gia hạn quyết định cấp phép, kiểm tra, kiểm soát và xử lý vi phạm đối với tổ chức, cá nhân nước ngoài tiến hành nghiên cứu khoa học trong vùng biển Việt Nam; bảo đảm bí mật quốc gia, bảo mật thông tin theo quy định của pháp luật; bảo đảm quốc phòng, an ninh, an toàn trên biển, hải đảo.
Nội dung phối hợp gồm: Lấy ý kiến hồ sơ đề nghị cấp, sửa đổi, bổ sung, gia hạn quyết định cấp phép hoạt động nghiên cứu khoa học của tổ chức, cá nhân nước ngoài tiến hành trong vùng biển Việt Nam; xem xét việc thay đổi nội dung đã được cấp phép nhưng không thuộc trường hợp sửa đổi, bổ sung, gia hạn quyết định cấp phép nghiên cứu khoa học của tổ chức, cá nhân nước ngoài tiến hành trong vùng biển Việt Nam; kiểm tra, kiểm soát và xử lý vi phạm trong quá trình nghiên cứu khoa học của tổ chức, cá nhân nước ngoài tiến hành trong vùng biển Việt Nam.
