Trong đó, chức năng quản lý vĩ mô của Bộ NN-PTNT được làm rõ hơn và tập trung nhiều hơn vào hoạt động xây dựng chính sách, pháp luật. Phân biệt và tách bạch chức năng quản lý nhà nước ra khỏi quản lý sản xuất kinh doanh, khẳng định vị trí của Bộ quản lý đa ngành, đa lĩnh vực.
Bộ NN-PTNT đã xây dựng và thực hiện chiến lược, quy hoạch, kế hoạch phát triển tổng thể kinh tế - xã hội của cả nước và của ngành NN-PTNT, tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra việc chấp hành và tổ chức thực hiện.
Điều này được thể hiện qua 2 lần ra soát, sửa đổi vị trí, chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của Bộ NN-PTNT. Cụ thể, Bộ đã ban hành các Quyết định quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của 07 Vụ, Văn phòng Bộ, Thanh tra Bộ, 08 Cục thuộc Bộ và Văn phòng điều phối Chương trình mục tiêu Quốc gia xây dựng nông thôn mới giai đoạn 2010- 2020 và một số đơn vị khác trực thuộc Bộ.
Trình Thủ tướng Chính phủ ban hành các Quyết định quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức cho 03 Tổng cục là Thủy sản, Thủy lợi và Lâm nghiệp trực thuộc.
Trên cơ sở Nghị định 123/NĐ-CP ngày 01/9/2016 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của bộ, cơ quan ngang bộ, Bộ đã tập trung xây dựng, hoàn thiện, trình Chính phủ ban hành Nghị định số 15/2017/NĐ-CP ngày 17/02/2017 quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ NN-PTNT.
Bộ NN-PTNT cũng đã ban hành Thông tư 11/2017/TT-BNNPTNT ngày 29/5/2017 sửa đổi, bổ sung một số điều của các văn bản quy phạm pháp luật có liên quan đến chức năng, nhiệm vụ của các đơn vị thuộc Bộ NN-PTNT, điều chỉnh chức năng, nhiệm vụ của một số đơn vị thuộc Bộ đảm bảo nguyên tắc quản lý hệ thống và phù hợp với năng lực của bộ máy hiện có.
Qua đó, thống nhất phân giao nhiệm vụ về quản lý phân bón, quản lý ngành muối, quản lý chất lượng an toàn thực phẩm, nhiệm vụ phát triển thị trường nông sản, nhiệm vụ quản lý về chế biến nông lâm thủy sản, từng bước kiện toàn tổ chức bộ máy quản lý ngành thông suốt, hiệu lực, hiệu quả, đáp ứng yêu cầu cải cách hành chính.
Về đổi mới, sắp xếp tinh gọn tổ chức bộ máy, từ tháng 11/2017 đến tháng 31/3/2020, Bộ NN-PTNT đã thực hiện sắp xếp, tinh giản 135 tổ chức thuộc và trực thuộc Bộ.
Cụ thể, Bộ NN-PTNT giảm 04 đầu mối đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Bộ, gồm: sáp nhập Trường Trung cấp Cơ điện Đông Nam Bộ vào Trường Cao đẳng Cơ giới và Thủy lợi; sáp nhập Trường Trung cấp Thủy sản vào Trường Cao đẳng Nông nghiệp Nam Bộ; giải thể Trường Trung cấp Lâm nghiệp Tây Nguyên; chuyển Trung tâm nước sạch và vệ sinh môi trường nông thôn về trực thuộc Tổng cục Thủy lợi.
Giảm 128 đầu mối tổ chức trực thuộc các đơn vị sự nghiệp công lập thuộc Bộ. Giảm 03 đầu mối cấp phòng trực thuộc các Cục quản lý chuyên ngành (Cục Trồng trọt, Cục Chăn nuôi, Cục Kinh tế hợp tác và Phát triển nông thôn).
Thời gian tới, Bộ tiếp tục rà soát, sắp xếp, kiện toàn, chuyển đổi các tổ chức sự nghiệp công lập trực thuộc Bộ để tinh gọn tổ chức bộ máy, tinh giản biên chế. Đẩy mạnh giao quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm/chuyển đổi mô hình hoạt động theo Nghị quyết của Chính phủ quy định cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp công lập.
Về quản lý, sử dụng biên chế và tinh giản biên chế, Bộ NN-PTNT đã tinh giản biên chế bắt buộc. Từ năm 2016-2020, Bộ đã cắt giảm 173 biên chế công chức (8,4% so với biên chế giao 2015). Đến 2021, giảm ít nhất 10% tổng biên chế (khoảng 207/2070 biên chế); cắt giảm 1.466 biên chế sự nghiệp hưởng lương từ ngân sách nhà nước (9,6 % so với biên chế giao 2015); Đến năm 2021, cắt giảm ít nhất 10% tổng biên chế (khoảng 1.528/15.282 biên chế).
Về đổi mới phương thức vận hành của hệ thống bộ máy, năm 2015, Bộ đã ban hành Quy chế mẫu về quản lý, phối hợp công tác và chế độ thông tin báo cáo của các tổ chức ngành NN-PTNT cấp tỉnh đặt tại địa bàn cấp huyện với UBND cấp huyện, các nhân viên kỹ thuật trên địa bàn cấp xã với UBND cấp xã để làm cơ sở cho địa phương thực hiện.